饶正锡出生于1911年，湖北省钟祥县人。早年时期，他曾在武昌博文学院中学、湖北省大冶县普爱医院学习。期间，饶正锡广泛阅读进步书籍，并秘密参加各种革命活动。1930年，19岁的饶正锡参加了红军，成为红三军团总医院的一名医生。
当时红军缺医少药，条件十分困难，作为一名医护工作者，饶正锡参加红军后迅速受到重用，次年，他担任了红五军医院院长，后续又担任了红三军团卫生部医务主任、红五军军医处处长等职务，挽救了很多伤员，并为红军培养了一批优秀的医护工作者。
1932年，饶正锡加入了共青团，同年，他转为正式党员。入党之后，饶正锡又担任了红三军团卫生部医务主任以及红三军团卫生部部长等职务，参加了中央根据地的历次反“围剿”作战，期间，因为在医护领域的卓越贡献，饶正锡还被授予了三等红星奖章的荣誉。
1934年10月，第五次反“围剿”失败后，饶正锡参加了长征。长征期间，红军的处境依然十分艰难，但饶正锡克服重重困难，想方设法为红军筹集紧缺的药品与医疗物资，从而挽救了很多伤员。
到达陕北后，饶正锡继续从事医护工作，担任了总卫生部后方卫生部卫生主任。抗日战争全面爆发后，他进入中央党校学习，毕业后担任了后方勤务部卫生部部长，1942年，饶正锡又担任了后方勤务部政委。
任职期间，饶正锡参与领导了陕甘宁边区部队的卫生工作以及培养医务工作干部的工作，同时，他还在延安创办制药厂，生产紧缺的医疗物资，编写《国防卫生》等刊物，提高了后方的医疗卫生水平，为抗日战争的胜利作出了重要的贡献。
解放战争时期，饶正锡改行从事部队的政治工作，担任了陕甘宁晋绥联防军教导旅副政委兼政治部主任、西北野战军第六纵队副政委兼政治部主任，率部参加了保卫延安与解放西北的主要战斗，是建立新中国的功臣之一。
新中国成立后，饶正锡担任了第22兵团副政委、乌鲁木齐市委书记与市长等职务，参与领导了当地巩固新生政权的一系列工作，稳定了社会秩序。1953年，饶正锡被调到北京，担任了总后勤部卫生部部长兼政委一职。1955年授衔时，他被授予中将军衔，成为开国中将。
1957年，饶正锡升任总后勤部副部长，这也是饶正锡第一次担任总后勤部副部长。在1966年开始的那段特殊历史时期中，饶正锡也受到迫害，不仅被暂停了工作，而且还被关押6年时间。
1975年，饶正锡重新复出，第二度担任总后勤部副部长。不过，不久后，饶正锡再次受到冲击，被暂停了工作。1977年，饶正锡第三度担任总后勤部副部长，直至1982年，期间，他以积极饱满的热情投身新时期我军的正规化与现代化建设当中，尤其是在后勤领域，做了大量卓有成效的工作。
1988年，我军实行新式军衔时，饶正锡被授予了一级红星功勋荣誉章，以表彰他过去作出的贡献。离休之后，饶正锡依然关心我军的建设，并积极献言献策。另外，饶正锡还在战史编写等方面做了很多工作，留下了宝贵的历史资料。1998年，饶正锡因病去世，享年87岁。
