韦祖珍出生于1912年，广西东兰人，自幼天资聪颖，勤奋好学。六岁的时候，韦祖珍进入私塾读书，不过，因为家庭贫困，仅仅三个月后，他就辍学回家，开始帮助母亲做农活，后来又帮助父亲摆渡，以此补贴家用。
1928年，韦祖珍加入了家乡的农民赤卫队，开始参加各种革命斗争活动，走上了革命的道路。1929年年底，韦祖珍参加了百色地区武装反抗国民党的军事斗争，此后红七军成立，韦祖珍也加入了红军，成为红七军的一员。
参加红军之后，韦祖珍表现非常优秀，不久后就担任了班长、排长，并随军北上，前往中央根据地。1931年，韦祖珍加入了共青团，次年，他转为正式党员。入党之后，韦祖珍又担任了红七军连政治指导员、红七军保卫局侦察科科员、红三军团保卫局侦察科科员、红一军团教导营特派员等职务，参加了中央根据地的反“围剿”作战。
1934年9月，在中央红军长征之前，韦祖珍被任命为红一军团的营、团特派员，10月，第五次反“围剿”失败后，韦祖珍跟随中央红军的主力部队踏上了长征之路。到达陕北后，他又担任了红一军团政治部保卫部副科长、科长等职务，奉命保卫陕甘宁边区。
1937年，抗日战争全面爆发，韦祖珍担任了八路军第一一五师晋西南支队保卫科科长，率部前往晋西南抗日前线，投身抗日救国的烽火狼烟当中。1939年，韦祖珍返回延安，进入延安马列学院、社会部训练班学习。毕业之后，韦祖珍再次投身政治保卫工作，担任了总政治部保卫部副科长等职务。
1945年，在抗日战争胜利前夕，韦祖珍奉命南下，担任了八路军南下支队警备一旅二团政委。南下期间，日本侵略者投降，此后韦祖珍接到命令，停止南下。在这之后，韦祖珍担任了热河军区独立第十八旅政委等职务，参加了解放东北的辽沈战役，见证了东北的解放。
东北解放之后，韦祖珍随军入关，参加了平津战役。平津战役之后，他继续南下，参加了渡江战役、衡宝战役、广西战役等，尤其是在衡宝战役期间，韦祖珍所在的部队奉命围歼了桂系王牌“钢七军”，为解放广西作出了重要的贡献。
新中国成立后，韦祖珍担任了第五十三军副政委、二十一兵团政治部主任等职务。当时我军空军刚刚成立，为了加强空军的建设，刘亚楼从全军抽调了一批年富力强的优秀干部，其中就包括韦祖珍。1952年，韦祖珍被调到空军，担任了空四军副政委。1955年授衔时，他被授予少将军衔，成为开国少将。
在这之后，韦祖珍投身我军空军的建设，后续他担任了空军工程学院政委、福州军区空军政委等职务。在1966年开始的那段特殊历史时期中，韦祖珍也受到了冲击，身心受到迫害。也因为造反派的迫害，在授衔之后18年，也就是1973年，韦祖珍离职接受审查，直到1978年才获释，但结论仍留“尾巴”。
1981年，相关部门为韦祖珍恢复了一切名誉。同年10月，他按副大军区职待遇离职休养。离休之后，韦祖珍主要生活在南宁，于1982年因病去世，享年70岁。
