毕占云出生于1903年，四川省广安县人，出生于一个贫苦的农民家庭。1922年，为了谋生，19岁的毕占云投身行伍，成为川军的一员。1927年，毕占云出川之后加入了湘军，次年，他跟随国民党部队前往井冈山，在进攻井冈山期间，毕占云弃暗投明，离开了国民党部队，加入了红军。
加入红军之后，毕占云成为红四军的一员，并担任了特务营营长。也是加入红军的这一年，毕占云光荣地加入了我党。入党之后，他参加了井冈山根据地的反“围剿”作战，建设与巩固了井冈山根据地。
1929年，毕占云跟随红四军离开井冈山，转战赣南与闽西，此后他参加了中央根据地的历次反“围剿”作战，担任了红七军参谋长、红一军团一师参谋长等职务。1934年10月，第五次反“围剿”失败后，毕占云参加了长征。
1935年6月，红一方面军与红四方面军会师之后，为了加强红四方面军的建设，红一方面军派出一批干部前往红四方面军，其中就包括毕占云。到红四方面军之后，毕占云担任了红四方面军总部二科科长。在张国焘分裂红军期间，红四方面军南下，毕占云也被迫南下川康一带，后续又重新北上，于1936年秋天到达甘肃，取得了长征的胜利。
长征胜利后，经过军委批准，以红四方面军的两万多人为基础，红军成立了西路军。毕占云也加入了西路军，担任了红五军的参谋长，并在陈昌浩等人的带领下渡过黄河，进入河西走廊作战。
进入河西走廊之后，红五军遭遇的损失很大，军长董振堂也壮烈牺牲。1937年，石窝山会议之后，西路军分散突围，毕占云也执行了分散突围的指示，最终历经千难万险，辗转返回了延安，重新回到了组织的怀抱。
1937年，抗日战争全面爆发，毕占云被调到八路军留守兵团，担任了参谋处处长，主要负责保卫边区、保卫毛主席。1939年，毕占云被派到太岳区，主要负责宣传我党的各项抗日主张，期间，他坚持我党既独立自主，又联合抗日的统一战线政策，团结一切可以团结的力量，为壮大抗日武装作出了重要的贡献。
抗日战争胜利后，毕占云担任了冀东军区副司令员、豫皖苏军区后勤司令部司令员等职务，在淮海战役以及渡江战役期间，他主要负责部队的支前工作，期间，毕占云充分发动群众，军民一心，以极大的毅力保障了前线的物资供给，为淮海战役、渡江战役的胜利提供了充足的保障。
新中国成立后，毕占云留在河南工作，担任了河南军区副司令员，1955年，他改任河南军区司令员。也是这一年，52岁的毕占云被授予中将军衔，成为开国中将。授衔之后，毕占云继续担任河南军区司令员，1961年，他调任武汉军区副司令员，继续以积极、饱满的热情投身我军的各项建设。
离休之后，毕占云依然没有闲着，他也充分发挥老红军、老干部的作用，为我军的正规化、现代化建设出谋划策，做力所能及的工作。晚年的毕占云主要生活在郑州，于1977年因病去世，享年74岁。
