原因无外乎三个：不敢救、不能救、不想救。
首先，是不敢救。谭嗣同的父亲谭继洵，官至正二品的湖北巡抚，看似位高权重。即便谭嗣同惹下大祸，谭继洵本也觉得自己有能力周旋营救。然而，这次谭嗣同所涉之事已经“捅破天”。他竟试图联合袁世凯软禁慈禧太后，这可是谋逆大罪，一旦坐实，将面临诛连九族的严惩。这种情况下，谭继洵别说营救谭嗣同了，稍有不慎，整个家族都将性命不保。再者，戊戌六君子并非只有谭嗣同有深厚背景。
杨锐是湖广总督张之洞的学生，张之洞当时在朝中影响力极大，相当于有着“驻京办公室主任”般的地位；林旭的妻子沈鹊英，其祖父沈宝桢曾任两江总督、太子太保，而沈宝桢的岳父更是大名鼎鼎的林则徐。即便官职最小的林旭，其岳父也官拜河南布政使，从二品。张之洞为救杨锐，动用了荣禄、盛宣怀等各方关系，都未能成功。如此情形下，谭继洵怎敢轻易出手救谭嗣同，毕竟他的势力远不及张之洞、沈宝桢等人。
其次，是不能救。慈禧太后处死这六人行动极为迅速，完全不走正常程序。9月24日抓捕，9月28日就将他们押赴菜市口斩首。张之洞为救杨锐，多方运作，几乎成功，却没想到慈禧太后28日突然下旨，要求立即将六人处决。张之洞大惊，急忙发电报询问刑部同事：“临难有何与，到布后复问何事，共问乞堂”，试图了解这些人在刑部究竟发生了什么，为何如此仓促处决，全然不顾程序。
戊戌六君子中的刘光第，在刑部任职十几年，堪称“老法官”。他临行前质问监察官：“祖治虽强盗，临行呼冤当复讯”，意思是按规定，哪怕是强盗临刑喊冤，都应重新审理，为何他们却得不到这样的对待，“吾辈重不足惜，如国体何如祖治何”，指责这种不审而杀的行为不合规矩。慈禧太后之所以急于处死他们，正是因为六君子背后势力庞大，一旦拖延，可能就无法顺利处决。杨锐是张之洞的人，谭嗣同是湖北巡抚之子，林旭是两江总督刘坤一的幕僚，众多大佬在背后支持。所以，慈禧太后只能采取 先斩后奏”的方式，下秘旨迅速处决，等各位大佬反应过来，人已经不在了。
最后，是不想救。谭嗣同虽是维新派，但其父谭继洵却是坚定的守旧派，两人观点截然不同，在政治立场上几乎背道而驰。而且，谭嗣同本有机会逃走，康有为、梁启超都成功逃脱，他怎会没有机会？他之所以不逃，有两点原因。
其一，梁启超劝他离开时，他说“吾父服官湖北，安能背弃而行，吾志在必死”，表明自己若逃走，担心父亲受牵连，不能不顾父亲安危。
其二，他认为“各国变法无不从流血而成，今日中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也。有之，请自嗣同始”。
慈禧太后9月21日下令抓人，9月24日才抓到谭嗣同，这期间谭嗣同一直待在会馆，未曾离开。一般而言，官宦子弟可能会“坑爹”，但谭嗣同却是“护爹”。他彻夜模仿父亲谭继洵的笔记，写下痛骂自己大逆不道的信件，目的是与父亲断绝父子关系，保护父亲和家人。
谭嗣同虽死，但他的思想得以传承。他有两个学生，杨昌济和蔡锷，后来蔡锷的学生有朱德，杨昌济的学生则是毛主席。正如臧克家诗中所言：“有的人死了，他还活着；有的人活着，他已经死了。”谭继洵后来为儿子谭嗣同写了一幅挽联，其中是何滋味由诸君去品。
谣风遍万国九州，无非是骂；
昭雪在千秋万世，不得而知。
