上期说到，新疆在蒙古时期隶属于察合台汗国。到了明代，蒙古帝国开始分崩瓦解，察合台的后裔于新疆南部建立了完全伊斯兰化的叶尔羌汗国。
可是后来这个叶尔羌汗国被强大的宗教势力和卓家族掌控。“和卓”在伊斯兰教中表示伊斯兰创始人穆罕默德的嫡系子孙。在新疆的这个和卓家族在他们的头目阿杂木逝世后，他的儿子们为争夺教权而纷争不断。其中一个儿子抵达新疆的喀什噶尔传教，并创立了黑山派。而后，他的另一个儿子也来到喀什噶尔，创立了白山派。他的后裔们在新疆南部被称为和卓，受到当地人的狂热尊崇。由于黑山派率先来到喀什噶尔，当地的蒙古汗王和民众对其更为拥护，白山派则遭到了排挤。
此时，白山派的和卓阿帕克霍加前往北疆，勾结有意吞并南疆的准噶尔汗国的噶尔丹，双方里应外合，推翻了叶尔羌汗国的察合台后裔。自此，白山派的和卓家族成为准噶尔蒙古的附庸，统治着新疆南部。后来，噶尔丹被康熙击败后自杀，其侄子掌控了准噶尔。他看不惯和卓统治南疆，于是出兵攻占了南疆地区，并亲自挑选本地信任的首领来进行管理。准噶尔部还将黑山派和白山派的和卓后裔关押起来，其中就包括白山派后裔阿帕克霍加的两个孙子，即后来人们所说的大和卓波罗尼都与小和卓霍集占。
到了乾隆时期，准噶尔汗国爆发大瘟疫，五十岁的噶尔丹策零在伊犁染病离世。准噶尔汗国内部因此掀起了激烈的权力争斗，争夺权力失败的准噶尔贵族表示愿意归降大清，并向乾隆借兵。乾隆经过一番深思熟虑，认为此次是彻底消灭准噶尔、占领新疆的绝佳时机。由于准噶尔大瘟疫致使大量人员丧生，这直接助力清军最终彻底剿灭准噶尔，成功收复新疆。
乾隆击败准噶尔之后，得知被准噶尔囚禁的大小和卓在南疆具有一定影响力。为保障南疆地区的社会安定，乾隆施恩将他们释放，并让他们回去管理南疆。乾隆原本以为他们会感恩，好好治理南疆。未曾想，大小和卓当面感激涕零，回到南疆后却立刻反叛。无奈之下，清廷只得再次出兵收复南疆。清军最终诛杀了大小和卓，并带走了他们的家眷，然而清军却遗漏了一人，名叫萨木萨克。萨木萨克是大和卓的一个小妾所生，因这个小妾后来离开了大和卓，所以清军当时有所疏忽。可就是这一疏忽，引发了无尽的后患。
乾隆收复新疆后，发现新疆根本没有成熟的政治制度，大多数百姓都目不识丁。宗教贵族和阿訇们凭借权力肆意剥削底层民众。乾隆为改善此种状况，在北疆建立农垦兵团，从内地派遣军队，战时打仗，闲时种地，吸引内地移民定居。乾隆决定维持南疆原有社会结构，同时禁止内地人向南疆移民，因为他担忧移民与当地人因语言和风俗差异而产生冲突。清政府在南疆选用当地贵族为官。但此官员需由中央任命，且不可世袭，必须遵守清朝律法，接受清廷监督。清朝政府尊重当地宗教制度，但严禁宗教贵族阿訇介入政治制度。清廷插手南疆管理后，极大改善了底层老百姓的生活，但宗教阿訇的政治权力被剥夺，只保留了宗教影响力，他们仍能掌控老百姓的精神信仰，这便是新疆后来产生动乱的内在原因。
清廷管理新疆，每年需耗费三百万两白银用于行政管理和军费开支。这笔钱在新疆无法自给，只能从内地各省调拨。而且由于新疆当地生产力有限，一些生活所需物资无法就地完全解决，又不可能从遥远的内地运来，所以大部分都向中亚国家采购，这些钱也就流向了中亚国家。与新疆接壤的中亚国家浩罕汗国，将印度、伊朗、阿富汗等地的物品销往新疆，又把中国新疆的物品卖往这些地方。通过这种贸易，浩罕汗国赚得盆满钵满，迅速发展成为中亚地区的军事强国。
浩罕汗国强盛之后，变得贪得无厌，它希望清廷降低对其商队的税收，但被清廷拒绝。浩罕汗国于是找到之前被清军疏忽遗漏的大和卓之子萨木萨克，出资资助他，让他在南疆与阿訇们联系，密谋在南疆挑起动乱。等到萨木萨克去世，他的儿子张格尔却妄图夺回南疆，恢复和卓家族的威望。张格尔联合南疆权力受限的阿訇们，加上中亚国家的资助和英国人的协助，迅速集结了十万大军，企图恢复和卓家族的统治。此时已是道光皇帝时期，国力已无法与乾隆时期相提并论。道光皇帝深思熟虑后，认为祖宗留下的土地不能在自己手中丢失。在相对较大的财政压力下，咬牙派出两员猛将杨遇春和杨芳，率领三万大军，不到一年便平定了张格尔之乱，收复了南疆。
张格尔之乱
1860年的第二次鸦片战争，俄国趁着清廷被英法联军击败，通过威逼利诱，迫使清廷签署了《中俄北京条约》，将外兴安岭、库叶岛以及海参崴全部割让，并在新疆的三个城市设立领事，获得了治外法权。而且他们得寸进尺，想趁着中国内乱，重新划定西部边界，在西部抢占一块土地。
清朝原本在新疆北部的驻军实力雄厚，但是一部分被调往内地平定太平军，剩下的原本也足以驻守新疆。但没想到1862年西北的穆斯林起事，陕甘回变爆发，马化龙、妥得璘与俄国相互勾结。俄国为他们提供大量武器，妥得璘为了占领新疆，答应俄国做内应。有了内应之后，沙俄迅速出兵入侵新疆北部。当时驻扎在新疆的军队战斗力还是很强的，他们和俄国军队进行英勇的对抗。虽说俄军兵力和武器都强于清军，但武器优势并不明显。当时的俄国与英国、法国相比，战斗力还差一个档次，并非那么强大，而清军又能够凭借多年修建的防御工事，让俄国军队难以推进，双方僵持了半年多。这次出兵新疆对俄国而言属于远征，需要耗费大量军费，如果再无法攻克，俄国就必须退兵。就在这时，俄国人帮助妥得璘和索焕章先是策动了库车的叛变，接着又占领了乌鲁木齐。
清军当时正在抵御外敌，内部出事犹如一把利刃直插心脏，彻底无力回天。俄国此时也已是强弩之末，再无能力向前推进，但他们已经拥有了要挟清廷的筹码。俄国驻北京公使立即与恭亲王展开谈判，要求清廷割地赔款，否则绝不退兵。讽刺的是，俄国公使对穆斯林占领乌鲁木齐的情况居然比清廷还要清楚。清廷坚决表示不是俄国打败了清军，所以不接受赔款。俄国公使也有些底气不足，毕竟这并非军事上的胜利，而是趁机敲诈，于是做出让步，放弃了赔款的要求。但在土地问题上，俄国毫不退让，清廷由于实在无法多线作战，只得签订协议，让俄国乘火打劫，割去了中国44万平方公里的土地。
同时，也正因这场战役，让左宗棠了解了俄军的真实实力，左宗棠知晓俄国军队并非吹嘘的那么强大，从而在日后的新疆战场上有了与俄国人抗衡的底气。
