袁世凯大军压境时，国民党内部还在吵打不打的问题。迫于无奈中山先生以个人名义致电广东都督胡汉民要求宣布独立。胡汉民却回电称时机尚未成熟，孙中山于是决定亲自前往广州主持军事行动，因遭众人阻拦才未去成。随后，中山先生又命陈其美在上海宣布独立，陈其美却以上海没有海军支持为由，拒绝独立。
这时不仅国民党总部意见不一，下属省份更是乱作一团。广东陈炯明不听胡汉民指挥，龙济光、张我权等人还偷偷向袁世凯示好。江苏都督程德全、湖南都督谭延闿、福建都督孙道仁，均持观望态度，意图很明显，就是等局势明朗后再出手，哪方胜支持哪方。
在二次革命爆发前，袁世凯惯用分化对手的策略。1913年6月9日，他下令免去江西都督李烈钧的职务；6月14日，又将广东都督胡汉民调任西藏，任命陈炯明为广东都督，企图借此瓦解国民政府内部的团结。出人意料的是，李烈钧竟接受了免职命令，并将江西部队撤回；胡汉民也同意前往西藏任职。袁世凯面对如此顺利的局面，反倒心生疑虑，怀疑这是国民党的缓兵之计。但在确定国民党并无反击决心后，袁世凯立即兵分两路：第一军军长段芝贵进攻湖北、江西；第二军军长冯国璋南下攻打南京。
此时国民党才意识到，无论如何妥协，都无法保留自身的合法地位，迟早会被北洋军吞并。于是，李烈钧就任江西讨袁军总司令，痛斥袁世凯 “乘时窃柄，帝制自为，灭绝人道，暗杀元勋，擅借外债，残民以逞”。7月12日，江西宣布独立；15日，江苏宣布独立；18日，安徽、广东宣布独立；20日，福建宣布独立；22日，上海国民党方面组织讨袁军向北洋军发起进攻。
别看各省都在宣布独立，这里面有一个很大的问题，那就是各省份宣布独立的时间不一，这就表明各省内部意见存在很大分歧。这些省份中，既有国民党势力，也有非国民党势力，即便在国民党内部，意见也未能统一，行动上难以协调一致。江苏、福建和湖南三省都督，内心并不支持独立。江苏之所以宣布独立，是黄兴亲自推动的结果；福建都督孙道仁则是在第十四师师长许崇智的武力逼迫下才宣布独立；湖南都督谭延闿因国民党在湖南占据优势，不得已宣布独立。
在实际战斗中，最先宣布独立的江西和江苏，也是最早失败的省份。7月25日，湖口失守；8月18日，南昌被放弃，江西军队全面瓦解。黄兴抵达江苏时，江苏都督程德全弃职逃离，军队士气低落，不听指挥，军饷也长期拖欠。7月29日，江苏战场全面失利。
安徽的局势更为混乱。江西、江苏宣布独立时，安徽都督柏文蔚正在南京出差，安徽第一师师长胡万泰趁机宣布独立，并自任安徽都督。但不久后，胡万泰就被宪兵营营长祁耿寰赶走，祁耿寰随即自称都督。眼见江西、江苏独立失败，祁耿寰担心成为替罪羊，便将都督之位让给了刘国栋。然而，柏文蔚出差归来后，刘国栋自知不敌，匆匆逃走，柏文蔚重新担任安徽都督。但柏文蔚尚未站稳脚跟，胡万泰又卷土重来，击败柏文蔚，再度成为安徽都督，并宣布取消独立，向袁世凯投降。8月28日，安徽被北洋军占领。
在短时间内，国民党的军事力量被北洋军彻底击败，孙中山、黄兴等主要领导人被迫逃亡日本，再次过上了流亡生活。
