来源:西湖大学

博「后」档案:帅梦雷

本科在华中师范大学获得推免资格后,成为西湖大学 2018 级博士研究生。经过生命科学学院的实验室轮转后,正式加入郑钜圣实验室,也叫精准营养与计算医学实验室。

2023 年顺利毕业,前往博德研究所(Broad Institute of MIT and Harvard)开展博后研究。

博「后」报告

帅梦雷的大年初二,早上 8 点就出门了。

波士顿的纬度接近中国东北,漫长的冬季从十月底持续到来年四五月。坐公交车要 20 几分钟,他掏出手机检查日程,今天该和导师汇报课题了。这座美国东北的海滨城市,同时坐落着麻省理工学院和哈佛大学,而两所名校中间的博德研究所,是他的目的地。

2023 年夏天,帅梦雷从西湖大学毕业后来到这里做博后。

天气好的时候,他会选择骑自行车去,还能比公交车快一些。


帅梦雷在 MIT(图片由本人提供)

博德研究所的英文名是 Broad Institute of MIT and Harvard,显然是由麻省理工学院和哈佛大学共同创立的。这里是全球领先的基因组学和生物医学研究机构之一,知乎上有不少人把它列为生信界的 「 天花板 」,尤其在基因组学方面是 tier 0 级别的存在。

这和研究所的发展史有关。

博德研究所成立的两大基石,分别是麻省理工学院的怀特黑德生物医学研究所(Whitehead Institute) 和哈佛大学的化学与细胞生物学研究所。据公开资料显示,2000 年 6 月公布的人类基因组计划,有三分之一出自 Whitehead。

帅梦雷的博后 「 老板 」Ramnik Xavier,是博德研究所 24 位核心成员之一,炎症性肠病与肠道微生物组研究的领军人物。

这是一个庞大的课题组,接近百人,帅梦雷没办法把人认全,很多人都这样。刚来的时候,他参加了一次组内的交流会,得知他来自西湖大学,在场的博后和研究员表现得并不陌生,但十分好奇,围住他问了不少问题。

「 原来,有这么多人早就知道 『 西湖大学 』……」 帅梦雷有点意外。

在此之前,帅梦雷所知的西湖与博德之间的 「 关联 」,仅限于西湖有几位青年博导曾在博德工作过,现在算起来是他的 「 前辈 」。以及,Whitehead 的创始主任、1975 年诺贝尔生理或医学奖得主 David Baltimore,是西湖大学校董会的创始董事和顾问委员会创始成员。

下午 3 点半,到了和导师讨论课题的时间。

在帅梦雷的 「 肠道菌群宇宙 」 里,Ramnik Xavier 这个名字,最早出现在一篇 Cell 文献中。在那项研究中,Ramnik Xavier 课题组对 70 对母婴的肠道菌群和代谢组进行分析,发现了一种新的母婴垂直传递模式,即母亲的肠道菌群如何塑造孩子的肠道菌群。

而肠道菌群,也塑造了帅梦雷在西湖的 5 年。

「 在进行肠道真菌组研究的日夜里,我曾经一次次感受到失败的痛苦、困难的折磨。真菌注释不出,表型关联发现不了,我不禁在想,就这数据,我能发现个啥?幸运的是,我坚持了下来并打破僵局。」


帅梦雷作为毕业生代表发言

我们将时间拨回更早。

2018 年 2 月,西湖大学获得教育部批准成立。帅梦雷和导师郑钜圣,前后脚搬进了石龙山街 18 号,西湖大学云栖校区。一个刚从华中师范大学拿到了保研资格,一个刚刚结束在英国剑桥大学的博后研究。

一切都是新的,校园是新的,实验室也是新的。

招人、买设备、建数据库。郑钜圣实验室的主要研究方向之一,是要围绕人类肠道真菌组开发实验方法和分析方法,建立人群肠道真菌基因组数据库,研究肠道真菌的功能以及营养-真菌菌群的互作模式和机制。

尽管经历过磨砺,但帅梦雷的开局已经占了一些 「 先机 」。

「 刚开始的任务,是把上游原始数据的生信分析流程建起来,相当于从源头开始学,」 帅梦雷说,人群肠道细菌以及真菌的数据库相当于 「 资料室 」「 图书馆 」,是实验室开展课题的基础,学弟学妹可以直接从这里提取并分析数据。「 我非常清楚上游的分析手段是怎么回事,所以在后面具体做课题时会有更全局的视角,也更敢去尝试开发不一样的流程和方法。」


帅梦雷在西湖大学云栖校区

这样的科研训练,用帅梦雷的话说,是他最终走进博德研究所的敲门砖。

在写给 Ramnik Xavier 的申请信中,帅梦雷描述了自己在西湖五年接受的科研训练。现在回头看,多维与前沿是真正起作用的两处关键词。

西湖大学生命科学学院有一个特色,博士生入学后将进行轮转,先去不同的实验室感受一下,再决定自己 「 落户 」 到哪里。2018 年,学校刚刚创立不久,但生科院已经有了数十个实验室。「 每一个的研究方向都很前沿,多数都涉及到不同学科的交叉,很有挑战性。」 帅梦雷回忆。

比如,他在生科院研究肠道菌群,但博二、博三两年,他常常往对面 2 号楼的工学院鞠峰实验室跑,去听他们的组会,和那里的博士生讨论合作课题的进展。「 鞠老师是研究环境中的微生物,我做的是人体肠道中的菌群,这样的合作让我打开了另一种看问题的角度。」

从上游建数据库开始,到实验流程和方法创新,帅梦雷收获了完整且扎实的科研训练。

他感谢西湖,也感谢自己。


帅梦雷的毕业典礼

2023 年的那个夏天,穿上博士服的帅梦雷说:

「 我记得这样一句话,在人的一生中,最为辉煌的一天并不是功成名就的那一天,而是从悲叹和绝望中产生对人生挑战的欲望并且勇敢地迈向这种挑战的那一天。」

波士顿的 CT2 公交车停靠在 Main St 站,帅梦雷走向博德研究所,再次开启了这样的一天。

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