近日，新疆农业大学曾斌教授团队在《Scientific Data》发表题为“Chromosome level genome assembly of ‘Wanfeng’almond (Prunus dulcis)”的研究成果，该研究对‘晚丰’扁桃基因组在染色体水平上进行精确的测序与组装分析，为中国地方扁桃的分子育种提供了宝贵的基因资源。新疆农业大学园艺学院博士研究生张冬冬为第一作者，园艺学院青年教师余镇藩为共同第一作者，曾斌教授和王力荣教授为该文的共同通讯作者。
研究人员利用DNBSEQ-T7平台对‘晚丰’扁桃叶片进行测序，获得了50.29 Gb的二代原始数据。K-mer分析预测‘晚丰’扁桃基因组大小为288.08 Mb，杂合度为0.81 %，重复序列比例为50.98 %。
随后，通过Pac Bio Sequel Ⅱ测序平台获得Hi Fi（High-Fidelity）数据，组装‘晚丰’扁桃从头基因组，并结合Hi-C测序数据辅助组装，达到染色体水平。
最终，‘晚丰’扁桃基因组大小为288.53 Mb，contig N50和scaffold N50分别为30.48 Mb和31.36 Mb，约270 Mb的序列锚定在8个Superscaffolds上，在‘晚丰’扁桃基因组中共预测到24230个蛋白编码基因。此外，还鉴定到225个miRNA、530个tRNA、7669个rRNA和816个snRNA非编码RNA。
来源： 新疆农业大学
