尽管始于魏晋时代的下邳古城曾经南下北上，并且屡经战火和洪水，但仍顽强的存在近一千五百。直至康熙七年（1668年）六月十七日郯城大地震，下邳城倾刻墙倒屋塌，地势下沉。七月十二日黄河在北岸花山口裂缝处直冲而下，冲出一个“拐山潭”，邳州黄河北一片泽国，古城从此彻底消失。
人们一直把下邳沉没归咎于郯城地震，更有归咎于黄河决口。是否还要其他人为的因素。
其实早在南宋初年就留下下邳沉没的伏笔。建炎二年（1128年），南宋让杜充去守东京（今开封市），这个后来叛将，扒开黄河大堤企图阻遏金兵，使黄淮等地区一片泽国，给豫东、苏北、皖北、鲁南人民带来无穷的水患。也为黄河南徙带来了后患。绍熙五年（1194），黄河在河南阳武决口，黄河改道南徙正式形成。咆哮的黄河水，利用汴河河道进入泗水，利用泗水河道进入淮河入海。最后入海口也被积淤，黄河水通过泗水河道向南在扬州的瓜洲古渡口进入长江入海。长江黄河在瓜洲握手，融为一体。
本来北宋定都汴梁（今开封）后，隋代运河已经逐步东移。黄河南徙后，运河河道被黄河带来泥沙积於殆尽。宋金“绍兴议和”以后。河道运输重新开展，以后元朝定都大都（今北京），明朝建立不久又迁都北京，大运河漕运等物资运输更显得重要。自吴国挖掘运河以来，流经下邳泗水被用作运输通过微山湖进入荷水，黄河改道夺取泗水河道后，因运河积淤原来宋元时代运河断行。运河只好“借黄行运”。这一带运水、泗水、黄水三水同漕。徐州不远原来泗水中的“吕梁洪”，本来就是泗水中的险段。黄河水的加入，更加剧吕梁洪的险峻，给主要的运输通道，特别是国税皇粮的漕运带来了很大的险情。
明永乐年间，因吕梁洪飞流湍急，航道艰难，明成祖永乐皇帝听从平江伯、漕运总兵陈暄意见：开凿吕梁洪。自永乐十三年（1415年）陈瑄开始疏凿吕梁洪起，到明嘉靖二十二年（公元1543年）吕梁洪工部分司署主事陈洪范疏凿吕梁洪结束，130年间历任吕梁洪主事干着同样的事情，凿石通洪，确保漕运畅通。漕运安全保证了，但是原来水流湍急，黄河带来的大量泥沙被冲刷而下。现在水流平稳了，泥沙大量的淤积。抬高了河床。使这一带黄河变成高出平原的天河。每年徐州、邳州要组织大量的人力、物力清淤河道、加固堤岸。以至于“扒黄河”在这一带成为“出苦力”、“罚劳役”的代名词。据有的资料统计，仅仅276年的明朝，就有193年出动民工，清淤黄河（运河）泥沙，加固堤岸。尽管做了很大努力，最终康熙七年导致邳州旧城（下邳）城池沉入水底。这座存在2310，屹今资料表明江苏省境内最古老的城池成为了历史。
1128杜充决黄河淹金兵，使本来就险情四伏黄河南岸岌岌可危，导致了1194黄河南徙。不仅给当时人民生命财产带来了史无前例的浩劫。不断决口黄河带来黄土高原的泥沙更给豫东南、皖北、苏北无尽的灾难。本来《尚书.禹贡》记载这地方徐州“厥田惟上中，厥赋中中”（田是第二等，赋税是第五等）。豫州“厥田惟中上，厥赋错上中”（田是第四等，那里的赋税是第二等）。使华夏最肥沃土壤变为沙碱地，大面积盐碱荒地甚至成为不毛之地。最严重的是泥沙淤塞了中国南北运输只能走水路的唯一大运河。南北运输只好“借黄行运”。而徐州东南吕梁洪又给漕运事业带来极大风险。130年繁重的开凿虽然使解决了运输风险，又使泥沙沉积，河底高出平原、高过屋脊。就这样在人们于水害斗争中，有意无意加重了灾害。人为的水害借地震的助天灾，彻底埋葬了下邳（邳州）古城。
