公元1853年，百万太平军自武昌顺流而下，直取满清的江宁府。而江宁，在清朝时仍被百姓按照明朝旧俗，称为南京。太平街军挖掘地道，直到城根，然后用巨量的炸药摧毁城墙。就这样，南京外城便被攻破了。
然而南京外城被攻陷，不等于全城被攻破。在南京城中，还有一座满城。所谓满城，即八旗军驻地。满清开国以来，历代皇帝为了防备汉人造反，便在中国各要害之处布下八旗驻防兵。南京被攻破后，部分八旗军便与他们的家属入居于明朝的旧皇城。而旧皇城，也被称为南京满城。
太平军入城后，一边进军一边大喊：“百姓皆闭门，敢出者杀！”于是南京市民纷纷关闭门户，因此几乎没有遭到屠戮。然而相比于普通市民，满城的八旗军民可就没有那么幸运了。
早在入城前，杨秀清就说：“满人皆妖，格杀勿论，妇孺不留。”《奉天讨护檄》中，杨秀清也公开声称“誓屠八旗，以安九有”。
因此太平军围攻满城，根本不会接受城内旗人的投降，而是要将他们全部杀尽。满城八旗见自己已无退路，于是决定据城防守，背城一战。南京满城的城墙又高又坚固，城中军民达3万人之多，因此不易攻克。与此同时，八旗军全民皆兵，即使妇女也会使用火枪和弓箭。因此，满城八旗几乎将所有人都投入城墙，与太平军进行了血战。
据史书记载，此战中太平军死伤惨重，尸体堆积如山，后续士兵甚至能踩着战友的尸体登上城墙。由于寡不敌众，满城最终告破。《东华续录》记载：
“咸丰三年，粤匪窜扰江宁省城，前任江宁将军祥厚、副都统霍龙武以及八旗协佐各官，或力竭捐躯，或临城自尽，文武各官计三百余员，兵丁妇女不下三万人。”
太平军攻克满城后，将还未被杀的数千名八旗妇孺驱赶到朝阳门外，堆积大量柴薪，将她们全部烧杀。其后，太平军又挨家挨户“搜妖”，而所谓“妖”就是官兵和满人。
十一年后，风水轮流转，太平天国气数已尽，南京城又被曾国藩的湘军所包围。
曾国藩响当当的外号“曾剃头”不是白来的，自他从一介书生办团练始，以恐怖杀戮震慑太平军的方针就已定了下来。
当湘军攻占了九江，并在江西屠杀了将近三万太平军将士和他们的家属。“城外勇冲杀而入，该逆（城内军民）无路可奔，号叫之声惨不可闻，自卯至午，歼除净尽……尸骸堆积，流水腥红。”曾国藩就此谈到杀戮所起到作用，“经此大创，足以寒贼胆而伐贼谋，既可不留余孽并可灰其死守之心。”
1864年，驰骋数十年，曾占据半壁江山的太平天国已彻底滑向深渊，天京城已被围二年，2万湘军挖战壕围天京，外有20万太平军包围湘军，因城高墙厚屡攻不下，无日不战，攻伐不止连续2年，随时面临城破的巨大危险时，天京城内出现了前所未有的恐慌情绪，每个人的心理底线都处于崩溃的边缘。全城弥漫着地狱般的恐怖气氛，一时风声鹤唳、人人自危。
1864年7月19日晚，湘军掘地道埋入火药轰塌太平门城垣20余丈，蜂拥抢入。天京内外，火光冲天，天京失陷。湘军“见人即杀，见财即抢”。他们无一例外都只想猎取一个最重要的人物——天王洪秀全。 谁先得到这位神秘人物，谁就等同得到了一生的荣华富贵。
然而湘军将整个天京城翻了个底朝天，也不见洪秀全的踪影。月底，因为一个宫女告密，这才知道洪秀全已死一个月了。在她的指引下，曾国荃派人从天王府的大殿内挖出了洪秀全的尸体。
湘军掘开坟墓，将还新鲜着的洪秀全扛给曾国藩当面验看。 两个搏杀了十多年的老对手，今天终于见面了。曾国藩在日记中记述道：“胡须微白可数，头秃无发，左臂股左膀尚有肉，遍身用黄缎绣龙袍包裹。验毕洪秀全的尸首，曾国藩下令：“戮尸，举烈火而焚之!”洪秀全的尸体被刀斧剁得粉碎，曾国藩又命人把肉泥拌进火药，装入炮弹，然后发射出去，让洪秀全灰飞烟灭，阴魂无归， 即使是圣人曾国藩也是讲迷信的。
湘军进城后见人就杀，不分老幼。一时之间，南京城内血流成河，将士和百姓的尸体淤塞河道。“分段搜杀，三日之间毙贼共十余万人，秦淮长河，尸首如麻”。
屠完城之后，湘军开始放火烧城。
南京城已然成为了一片火海，火光直冲天空。这场大火持续三天之久。经历了空前的灾难之后，南京城中没有一棵树木，四处都是残损的房屋破烂不堪。就此，南京成为了一座了无人烟的空城。曾国藩在自己的日记中记载道“城内自伪宫逆府以及民房悉付一炷”，“万室焚烧，百物荡尽，而贡院幸存”，“”群尸山积”, “白骨山积”, “自五代以来，生灵涂炭，殆无愈于今日。”
湘军因为在天京城下血战了两年之间，自身伤亡也很惨重，湘军都是老乡，甚而亲族关系，仇恨已使他们心理扭曲变态，以花样虐杀太平军为宣泄。在《曾国藩奏折》中有这样的记述：“生擒老贼二百二十一名。每生擒一贼，辄剖肠，剥皮挂树，磔石，见者无不凛凛。”“各营生擒逆匪一百三十四名，仅予枭首不足恨，概令剜目凌迟。”“杀之以祭壕头堡阵亡将士，诸勇犹痛憾切齿，争啖其肉。”
清人记载：“伏尸百万，秦淮尽赤；号哭之声，震动四野。”湘军亦以“大索”为名，从上到下，每一个人置备一个大竹筐，抢到钱财就往竹筐里装。同时亦大肆在城内外进行野蛮的屠杀
曾国藩的首席幕僚赵烈文在《能静居士日记》中记载破城后七天时他所目睹的情形：“ 其老弱本地人民，不能挑担，又无窖可挖者，尽遭杀死，沿街死尸十之九皆老者。其幼孩未满二三岁者亦斫戮以为戏，匍匐道上。妇女四十岁以下者一人俱无，老者无不负伤，或十余刀，数十刀，哀号之声，达于四远，其乱如此，可为发指。”
湘军是私人企业，私家军队，朝廷是不给发军饷的。不让士兵们劫掠，士兵怎么能为你打仗，闹出兵变更了不得。曾国藩如果严明军纪，进城后安抚百姓秋毫无犯，那就更是嫌自己活得太长了，只能以自浊来证清白。
太平天国强盛时，南京最多有100万人，可屠城之后10多年，到光绪登基时，南京只剩不到50万人。
