1965年，吴法宪接替刘亚楼担任空军司令员，对于能否胜任司令员一职，自己心里没有底。能不能压住场面，更是一无所知。
在空军司令部里，除刘亚楼、刘震为上将之外，吴法宪、曹里怀、徐深吉、常乾坤、成钧、谭家述等人都是中将，资历都差不多。
1966年，上级下发《五一六通知》时，他正在参加氢弹空投任务 ，以防止出现万一，亲自到试验现场去指挥。当他接到通知后，认为文件中没有具体的规定办法，究竟怎么落实，想等中央有进一步文件、部署再开会传达也不迟。
或许因为他这个举动，让内部对他产生了意见，有人跑到总政副主任刘志坚那里说：吴法宪对《五一六通知》不主持开会，不组织学习、讨论，躲在外面检查工作，迟迟不回北京。为此，留在司令部主持工作的政委多次打电话告诉他赶紧回来开会。
召开常委会后，会议气氛就很紧张，有人指责他为何“按兵不动”，吴法宪解释，在京的各部队机关以及总部，都没有动，只是一个通知，让大家有思想准备。而且军队方面如何落实，上级没有安排，等一下不行吗。
对于他的回复，几位常委纷纷表态要跟上形势，多数人对他的话进行反驳。为此，有人提出马上又召集空军党委全体会议。几天后，空军党委11次会议召开，讨论《通知》应该如何展开，大家先后发言。大多数人对吴法宪没有对《通知》及时展开工作，按兵不动，进行了批评。
吴法宪认为几位副司令员之所以这样做，是有其他原因的。是对他担任司令员的不满，从条件上看，有人比他更合适，但后来事情的发展并非如此；其次，首任司令员的一些工作作风不满一下，多年来耿耿于怀，要借机发泄。
为了解决空军内部问题，总政副主任刘志坚派工作组进入，工作组在与其他几位副司令员谈话后，汇报回馈情况，认为吴法宪不合适再担任司令员，应该撤掉。
对于吴法宪能当司令员，是林彪的提议的。对于罢官夺权，他是不支持的，说：吴法宪工作上有错误，可以改正，罢官夺权是错误的。有了最高指示后，工作组再次找吴法宪谈话，说清楚一些事情，态度也有所不同。言外之意，就是之前被人干扰试听，现在调查清楚了。
在“文革”之前的5年里，吴法宪红极一时，在军队、党内的地位直线上升。先后兼任副总长、军委办事组副组长，又当选为政治局委员，直到1971年9月。
