1957年，担任海南军区司令员2年多的吴瑞林，考虑到国内外形势趋于稳定，希望趁早到军事学院深造。自己42岁了，还能学得进去，否则再过几年，想学也学不进了。
他在给上级打报告时，广州军区司令员在党委会宣布他为广州军区副司令兼参谋长。面对职务晋升与学习计划，选择后者。因为日后工作还可以调整，但学习机会不多。
作为军区是无权改变上级的命令，要改动需要找总部首长批准。
吴瑞林打电话给时任军委秘书长兼副总长黄克诚，要求趁机去学习学习。黄克诚是四野的老首长，虽然没有直接领导过吴瑞林，但都是四野出身。
黄克诚秘书长对吴瑞林说：你的工作是军委决定的，作为秘书长是没有权利改变军委的决定。不过，可以向你提一个意见，就是在任何地方发生战争，必须立即到职。听到首长的这番话后，他保证说：三小时内即可到职。
言外之意，黄秘书长可以向彭总和总理、毛主席报告。
那时候，总长是粟裕，军委秘书长是黄克诚，负责军委日常工作的是彭老总。黄克诚作为协助彭总工作，他的建议上级采取的可能性很大。
2天后，黄秘书长打电话给他，鉴于目前局势稳定，要选调一些有经验的将领到军事学院学习，不仅仅是他可以去，广州军区司令，以及副司令梁兴初，副政委陈仁琪等都到军事学院学习。军区第一副司令李天佑代理司令员职务。
他们到高等军事学院展开为期三年的托班学习。这是吴瑞林第二次踏入院校，第一次是从朝鲜前线回来。调去中南军区武汉的速成班系统学习小学文化，也就是进行扫盲工作。如今到高等军事学院学习，学习军事理论、战略战役战术，以及文化课等。
1959年12月，还没有毕业上级就要抽调他去东海舰队担任司令，后来改为南海舰队司令员。尽管内心有想法，但中央军委领导以及海军首长等多次找他谈话，最终答应转入海军任职。先后担任海军舰队司令兼广州军区副司令，海军常务副司令等职。
