上一篇（从“联俄抗日”到“促华亲日”)说到了当时清政府的政策由“联俄抗日”向对日友好的方向转变。接下来发生的事情让清政府更清楚地感受到相对于日本，当时的俄国对清的威胁更大。
光绪二十六年（1900年）义和团事件爆发，接着发生了八国联军侵华战争，在国内的历史教材中只说列强一共拼凑了5万多人的军队进攻北京，实际上除了这支军队，还有一支兵力远超联军的军队攻入中国。
1900年6月沙俄以保护俄国修筑的中东铁路为名，由沙皇尼古拉二世亲任总司令，由国防部长兼陆军大臣亚历克塞·库罗帕特金为总参谋长，出动18万军队，从瑷珲、满洲里、珲春、三江口、旅顺等地，分六路进入东北，虽遭遇到驻地清军的奋勇抵抗，但无奈寡不敌众。10月1日，俄军攻占省城奉天。同一天从旅顺乘军舰出发的俄军亦在山海关登陆，4日占领锦州，切断关内外联系。6日，各路俄军在铁岭会师，至此，东三省全境全部落入俄军控制。
辛丑条约签订时，沙俄以出兵东北耗资巨大为由，拿到了条约中最高的赔偿额度。虽然在条约签订后向外保证马上撤出东北，但实际上反而加强了在东北的部署。到了1902年在东北的驻军已经超过17万人。对外更是宣称“大亚洲计划”，提出了占领长城以北的黄俄罗斯方案。
但俄国妄图侵吞整个东北满洲的企图引起英国和日本等国的不满，美国和法国也表示反对。各列强均出面干涉要求俄国从东北撤军，俄国有鉴于此，于1902年4月和清廷订立《交收东三省条约》。
该条约共四条：
东三省归还中国“一如俄军未经占据以前，仍归中国版图及中国官治理”。
俄军在十八个月内，以每六个月为一期，分三期，全数从东北撤走。
俄军撤退前，清政府在东北“不另添练兵”﹔撤兵后，驻东北军队人数应随时知照俄国。
俄军交还山海关、营口和新民厅沿线铁路后，清政府应给予“赔偿”。
然而，俄国的传统就是签订条约是为了撕毁用的。所以只在第一期履行约定撤兵，于1903年4月第二阶段撤兵期限时违反约定，更于1903年4月18日告知清廷外务部另提《七项撤军新条件》，其中有“列强势力不得进入满洲”、“俄国参与北满行政管理”等变相侵呑东三省的条款，并重新出兵占领沈阳。其后，俄国沙皇更设置“亚东大都督”，任命阿列克谢耶夫为远东总督统治满洲，摆明要占着不走的态势。
当俄罗斯赖着不走的同时，最喜欢用以夷制夷这个招数的清政府发现日本和俄罗斯的矛盾也越来越深了。
在上一篇说过，日本当时的首要目标是拿下整个朝鲜半岛，但俄国在占领东北后也开始向朝鲜半岛扩张。对于俄国的威胁，伊藤博文原本提出与俄国修好，并代表日本政府与俄国谈判，提议俄国控制中国东北以换取日本控制朝鲜半岛。但俄国拒绝了日本的想法，表示只能接受以朝鲜半岛39度为界设立两国间的中立缓冲区。
日本看好好谈不行，只好准备来硬的。1902年，日本和英国签订了英日同盟，这个条约的主要内容其实就是针对俄罗斯。
条约规定日本和英国，任何一方如果对大清和朝鲜发动战争，另一方保持中立！日本和英国， 任何一国跟其他国家发生战争，另一方都应该给予支持！
这时清政府如果想收回东北，有以下三个选择：
选项一、任由俄国侵占，奋发图强，期望有朝一日，与俄国决战，收复东北。这个选项是最政治正确的，但可能性遥遥无期，而且根据当年俄罗斯占领黑龙江以北时的手段，往往是杀光或赶走土著民众后，再从欧洲移民。估计过不了几年东北就完全俄罗斯化了。
选项二、联合日本驱赶俄军，但是不给日本报酬和补偿。不过日本人凭什么给你打仗不要好处，脑子秀逗了？
选项三、同意借助日本军队驱赶俄军，事后将原本给俄国的好处交换给日本，前门驱虎后门进狼，但总比什么都拿不到强。
很显然清政府最后选择了第三种。于是清政府在接到沙俄《七项撤军新条件》照会的第二天，就把文件内容秘密告知了日本。
日本当即出面与俄交涉，要求俄军撤退，但遭俄方拒绝。1903年底日俄谈判破裂。1904年2月6日日本向俄国发出最后通牒，并宣布断绝日俄外交关系。1904年2月8日，日本海军在未宣战的情况下攻击停泊在旅顺港的俄罗斯旅顺舰队。2月9日俄国对日宣战。2月10日，日本政府亦正式对俄罗斯政府宣战，日俄战争爆发。
日俄战争爆发前清朝内部展开了一番激烈的讨论，张之洞、李经曦、端方、盛宣怀等人都主张“联日抗俄”，他们的建议得到了许多朝臣的支持，民间舆论也倾向于这种策略。
战争爆发后，袁世凯认为：“附俄则日以海军扰我东南，附日则俄分陆军扰我西北，不但中国立危，且恐牵动全球。日俄果决裂，我当守局外”。提议：“电商外部，请通告各国严守中立”，“就我现在情势而论，不得不谨守局外”。最终清政府表示“局外中立”，但声明“三省疆土，无论两国胜败如何，应归中国主权”。
但实际上清政府采取了暗中支持日本的举动。
清政府建立情报组织帮助日军刺探俄国的情报，袁世凯派出了以 16 名情报军官为首的间谍小组去东北刺探沙俄部队的军情从而帮助日本，这16人中就包括后来在民国时代叱咤风云的段芝贵、吴佩孚。清政府还默许日本在东北招募 “马贼”，来破坏俄国的后勤补给线。日本“东亚同文会”编写的《对华回忆录》一书中就记载其在招募马贼的过程中得到了当地驻军的骑兵首领张作霖的大力支持。也是在这时候张作霖和日本人搭上了关系。
俄军抓获的中国间谍
除此以外两江总督端方、两广总督岑春煊等封疆大吏都曾在日俄战争时在民间搞过对日募捐。
当时在上海成立后的中国历史上第一个红十字会曾赴东北慰问救护日军伤兵。
在日中国留学生还组织 “拒俄义勇队” 回国协助日军的。
最狠的还是直隶提督马玉昆，奉命出关驻守古北口至朝阳一线，监视战场局势防止战火波及关内。其在战争爆发后直接为日军提供炸药，还私下招募士兵加入日军参与对俄军的直接攻击。以至俄军怒斥清廷，“兴京厅以南所扎之华队随同日人攻打俄人”。
整个日俄战争前前后后打了近19个月，日本军费支出达17亿日元，伤亡24万人左右。战争导致日本经济近乎崩溃，内部只能靠加税和大规模发行国债，对外又借款了8亿日元。最后实在打不下去了，于是在美国的撮合下，1905年9月，双方在美国签署了《朴茨茅斯和约》，俄国割让库页岛以南给日本并放弃了在东北的占领以及对朝鲜的野心，只保留俄建中东铁路的管理权。
但日本原本设想的战争赔款没有获得，沙皇明确表示不能接受“屈辱的和平”，只同意割让土地，反正也是抢来的。但钱一分不给，不同意就接着打。最终日本只能接受。
这里多说一句，日本在战争开始后派日银副总裁高桥是清到英国发债，但初期根本没人买这个战争债。直到战争中期，传出俄国镇压犹太人的消息，引起英美犹太人反感，于是有大批犹太富人开始购买，让英美市场各承接百分之五十的日本国债。其中买的最多的犹太人雅各布·席夫更获颁一等旭日勋章并和天皇共进午餐，成为第一个获颁一等旭日勋章的外国人。
此外日俄战争时日本内阁进行了大规模增税，在1904年4月和12月两次实行“非常特别税法”，增加的税收等于1903年日本全年的税收。由于战后日本没有获得赔偿金，日本政府将增税七成的制度永久化。
有意思的是，在此后的俄国历史宣传中，俄方一直强调的是日俄战争是俄国在帮助中国抵抗日本侵略。反之，日本人也宣传的是日本在帮助亚洲人抵抗白种人的侵略。
例如日本法西斯思想家大川周明在1942年6月24日的《告亚细亚民族书》中，将日俄战争描绘为“复兴亚细亚”的“庄严”“序曲”:“日本以金刚之信，执降魔利剑，给四百年来连续侵略未曾从一人中遭受过百倍之耻辱的白人以最初严厉的一击，从而鼓舞起在白人压迫下各国的希望与勇气，激励起在列强横暴下遭受痛苦的小国的理想和与活力。日本国的名字恰如是枯木回春的生命之液一样，一直使一切被虐待受凌辱之民的灵魂久久不断的热血沸腾。”
日俄《朴茨茅斯和约》签订后，日本于1905年11月派外务大臣小村寿太郎来北京与清政府代表庆亲王奕劻、外务部尚书瞿鸿禨、直隶总督袁世凯交涉“东三省善后事宜”。会议一开始，日本提出日本与俄国开战是“为了整个东亚的安全。日本以巨大的牺牲阻止了俄国占有满洲，中国应报答日本，应无条件地同意将俄国在东三省南部的权益让与日本，而且要给日本以日俄和约规定之外的其它特权“。
小村寿太郎
双方经过数次激烈谈判，最终于12月22日正式签订了《中日会议东三省事宜条约》，并于1906年1月23日在北京交换批准。
整个条约分为正约三款和附约十二款，主要内容为：
日军撤离东三省将土地归还于清政府，所占领使用的公私财产一并交还；
清政府承认日俄《朴茨茅斯和约》中给予日本的各项权利；
日俄两国军队撤离东三省后，中国将附约所列东北十余座城市作为商埠开通；
设立“中日木植公司”，允许日本在鸭绿江右岸地方采伐林木；
日本接手并经营安东至奉天的军用铁路（南满铁路）至1923年，届期估价卖给中国；
日本在营口、安东和奉天划定租界；
日本在南满铁路沿线及旅顺港有以护路和保护侨民为目的的驻军权。
日本正是依据这个条约派一支部队进驻南满铁路两侧，这支部队后来就叫做“关东军”。并向旅顺、大连、南满铁路两侧移民，开始“经营满洲”。可以说几十年后九一八事变的种子，在这时已经种下了。
日俄战争的作用还远不止如此，在西方历史书中认为：日俄战争结果日本胜利，代表一个东方的新兴国家击溃了当时一个西方的主要强国，日本开始被视为世界上一个新的强权。
印度独立领袖尼赫鲁曾说：“日本的胜利减轻了我们自卑感。一个西方强国的战败引申出亚洲仍可以像古时一样击败欧洲。”
国父孙中山表示“我们认为俄罗斯败于日本可以被视为东方击败西方。我们视这次胜利为我们的胜利。”
清朝官方则认为：“日俄二国交战于我东三省，日本以立宪政体上下一心大败俄人。德宗有鉴有此，遂命预备立宪、改官制、兴学校、练新军，期以雪耻自强，海内喁喁望治焉”。“日俄之胜负，立宪专制之胜负也”。提出了“日胜何喜，俄败何欣”的观点。朝野上下普遍将这场战争的胜负与国家政体联系，认为日本以立宪法而胜，俄国以专制而败，于是自1905年开始搞起了轰轰烈烈的立宪运动。
