光绪皇帝是被谁毒害的，以及如何被毒害的。最大的嫌疑人自然是慈禧太后。自清末以来就有好多说法证明慈禧杀了光绪，其中不乏一些事件亲历者的讲述。清末担任起居注官的恽毓鼎在《崇陵传信录》中，记载了他在光绪帝驾崩前十一天时见到他的情景。
光绪三十四年十月初十日，是慈禧太后74岁寿辰，按照惯例，这一天光绪皇帝要率文武百官为太后祝寿，恽毓鼎早早等候在慈禧的寝宫之外。不久，他看到光绪皇帝从中南海步行而来，先进入了德昌门内。起居注官是专门负责记载皇帝一言一行的官员，因此对光绪帝的行动格外在意，他看到德昌门并没有关紧，留了一个缝，从缝中可以看到光绪皇帝正在里面做一些运动，用两只手臂撑着两边太监的肩膀，双脚反复离地，就是先舒舒筋骨，为一会儿向太后行三跪九叩的大礼做个热身。这一记载充分说明，在光绪帝去世前的十一天，他的身体状况还很好，能从中南海步行走来，还能撑着太监肩膀做运动，体力方面是没有问题的。
但是，就在这个时候，戏剧性的一幕发生了。慈禧太后传出懿旨，说由于皇帝卧病在床，今天的率百官行礼就免了。这分明是天大的谎言！皇帝就在门外，而且没有病态，只是无人敢于向太后的懿旨提出疑问。这个消息打击最大的仍是光绪皇帝，恽毓鼎记载“上闻之大恸”。
数年来，慈禧一直对外宣称光绪病重，如今也不肯让光绪借行礼之机向百官证明自己没有病，光绪当即明白自己处境危险，因此痛哭失声。亲眼见证了这一段史实的恽毓鼎，在十一天后得到宫里传来的光绪帝驾崩的消息，自然很难相信皇帝是病死的，他在日记中直接写到，清朝的灭亡，实为慈禧“害先帝、立幼主，授载沣以重器”的缘故，直指慈禧为杀人凶手。
再来看时任内务府大臣增崇家族的记载。
增崇之子察存耆记载了光绪三十四年十月十七日，即光绪帝离世前四天的情况。当天晚上他们一家人正在吃饭，忽然宫中派人来传信说，万岁爷病重，让内务府堂官立即进宫预备差使。增崇听后与两位同在内务府任职的兄弟面面相觑许久，然后连声说“不对”，表示近几天大夫给皇帝请脉，都没听说有什么事，怎么会突然病重呢？内务府总管大臣是专门负责皇帝家事的官员，对皇帝的健康情况应当了如指掌，增崇对突然传出的光绪帝病重的消息感到如此奇怪，也在很大程度上证明了此事有蹊跷。
第三个讲述来自当代著名的书法家启功先生。
启功姓爱新觉罗，是清朝皇族后裔。他记载说，自己的曾祖父溥良清末担任礼部尚书，作为主管礼仪、祭祀的最高官员，慈禧临终时溥良自然一直守候在旁。当时，他看到一个太监端着一个盖碗从慈禧的寝宫中走了出来，出于职责所在，溥良就询问太监端的什么？太监回答“是老佛爷赏给万岁爷的塌喇”。塌喇是满人的一种奶制品，相当于酸奶。启功也表示，自从光绪帝被囚禁在瀛台以来，也没听说过他有什么急症大病，但这碗塌喇送过去之后，很快就有太监来报皇帝驾崩了。紧接着，太后寝宫中也传出哭声，表明太后也离世了。启功先生的这一段记载，不但暗示光绪是慈禧毒害的，还质疑慈禧有可能早于光绪离世，只是秘不发丧，等到光绪死亡的消息传来之后，才宣布慈禧也已驾崩的消息。
当然，以上的表述和清廷的官方记录都有不符之处，它们彼此之间也有相互矛盾的地方。从历史的角度而言，每个人的记录都会不可避免地带上自身的主观烙印，再加上增崇和溥良的说法，都是后人的回忆，这里面的真实性已经很难确证了。
但是，以上说法明确显示，对于光绪帝的死，当时的很多人，包括皇帝身边的近臣都是存在疑问的。通过一系列的考证和分析证明，能够在宫廷当中操控自如、敢于毒杀皇帝，还不留下任何证据的，除了慈禧之外，不会再有第二个人。
