1949年2月12日，美国的最高统帅麦克阿瑟在东京回见孙立人，麦克阿瑟暗示孙立人说:“我们不能让台湾这艘航空母舰落到共产党的手里，我们美国全力支持你负责巩固台湾。”意思就是放弃蒋介石，支持你负责台湾。
但孙立人不为所动，再三表示，“我忠于蒋介石，不会背弃。”
而且他还表示:“我只会打仗，不会搞政治。”
回到台湾的孙立人将此行如实汇报给蒋介石。
然而，孙立人的光明磊落并没有换来蒋介石的信任，反而加剧了蒋介石的不安。只是这时候台湾的危机情势，加上美国人的情面，蒋介石不得不重用孙立人。
1950年3月17日，孙立人被任命为陆军总司令兼陆军训练司令，一时间，孙立人成了炙手可热的人物。然而就在此时台湾情报机关的蒋经国已经将特务网络渗透到陆军总司令部了。
3月23日，就在孙立人任命一周的时间后，他的英文秘书黄正，以及黄正的姐姐陆军训练总部干部黄钰，便被蒋经国以“泄露军机”的罪名逮捕，判刑10年。接着，孙立人的旧部属李鸿、陈鸣人、彭克力等人，也以“匪谍”罪被捕。
1951年3月27日，蒋介石正式派蒋经国进驻陆军总司令部组建陆军总司令政治部，这等于给孙立人派了一个监军。孙立人处处被蒋经国掣肘，成了有名无实的陆军总司令。
1954年,《美台共同防御条约》签署，台湾被正式纳入美国在远东的防卫圈，台湾的安全得到了极大的巩固。对蒋介石来说，此刻的孙立人已经没有用了，反而还是威胁。
这一年6月，孙立人被调任“总统府”参军，明升实贬，彻底被解除了兵权。然而这还不是结束，一场更大的阴谋正在酝酿当中。
1955年5月25日，在蒋的授意下，毛人凤将孙的旧部，步兵学校少校官郭廷亮以“匪谍”为名逮捕，由此拉开了又一波整肃高潮。一周之后，台湾南部又爆发了所谓的“兵谏案”。不到一个月的时间内，孙立人的旧部被拘捕人数达到300多人，想通过这些下属来寻找打击孙立人的突破口。
面对山雨欲来，谣言满天，许多人劝孙立人尽速出走，但耿直的孙立人自认心中无愧，不为所动。
8月3日“总统府”局长黄伯度带着在威逼利诱下写的一份“自白书”来到已经被宪兵包围的孙立人官邸，要孙立人引咎辞职。自知回天无力，孙立人无奈的写下了一份简短辞呈。
对于被免职的孙立人，蒋氏父子采取“不杀、不审、不问、不判、不抓、不关”，但也“不放”的“七不”政策。1956年6月，孙立人被逐出官邸，迁往台中市向上路一段18号居所，开始了漫长的软禁生涯。
当时，蒋介石对孙立人看管极严，连孙立人的厨子身上都藏着刀，只要有人想救孙立人走，立马一起干掉。
1988年蒋经国逝世，台湾的政治空气一步活跃起来。2月，孙家人联系记者李文邦到孙家访谈，“孙立人案”真相随即发表，要求回复孙立人清白和荣誉的呼声压力越来越大。
同年3月孙立人结束了长达33年的软禁生涯。有记者采访孙立人对“平反”一事有何感想，孙立人立刻反驳:“从未反过，何平之有！”
1990年11月19日，经历不到3年自由的孙立人将军，带着毕生的遗憾，病逝于台中家中，还差3天就是他90岁寿辰。
孙立人的临终遗言有3个版本，医生记录的是——我对得起国家，亲属记得是——还我清白，部下记得是——我是冤枉的啊！一代名将的遗言，竟是如此的悲壮与凄凉。
