《灵枢・营气》
“黄帝曰：营气之道，内谷为宝。谷入于胃，乃传之肺，流溢于中，布散于外，精专者，行于经隧，常营无已，终而复始，是谓天地之纪。故气从太阴出注手阳明，上行注足阳明，下行至跗上，注大指间，与太阴合；上行抵髀，从脾注心中；循手少阴，出腋中臂，注小指，合手太阳；上行乘腋，出䪼内，注目内眦，上巅，下项，合足太阳；循脊，下尻，下行注小指之端，循足心，注足少阴；上行注肾，从肾注心，外散于胸中；循心主脉，出腋，下臂，出两筋之间，入掌中，出中指之端，还注小指次指之端，合手少阳；上行注膻中，散于三焦，从三焦注胆，出胁，注足少阳；下行至跗上，复从跗上注大指间，合足厥阴，上行至肝，从肝上注肺，上循喉咙，入颃颡之窍，究于畜门。其支别者，上额，循巅，下项中，循脊，入骶，是督脉也；络阴器，上过毛中，入脐中，上循腹里，入缺盆，下注肺中，复出太阴。此营气之所行也，逆顺之常也。”
这段经文描述了营气在人体十二经脉中的循环流注顺序，为子午流注理论中气血在经络中按时间顺序流注的观点奠定了基础。
《灵枢・五十营》
“黄帝曰：余愿闻五十营奈何？岐伯答曰：天周二十八宿，宿三十六分；人气行一周，千八分，日行二十八宿。人经脉上下左右前后二十八脉，周身十六丈二尺，以应二十八宿，漏水下百刻，以分昼夜。故人一呼脉再动，气行三寸，一吸脉亦再动，气行三寸，呼吸定息，气行六寸；十息，气行六尺，日行二分。二百七十息，气行十六丈二尺，气行交通于中，一周于身，下水二刻，日行二十五分。五百四十息，气行再周于身，下水四刻，日行四十分。二千七百息，气行十周于身，下水二十刻，日行五宿二十分。一万三千五百息，气行五十周于身，水下百刻，日行二十八宿，漏水皆尽，脉终矣。所谓交通者，并行一数也。故五十营备，得尽天地之寿矣，凡行八百一十丈也。”
此篇论述了人体气血在经脉中一昼夜运行五十周的规律，以及与自然界日行二十八宿、漏水下百刻的对应关系，体现了人体气血运行与自然界时间变化的紧密联系，是子午流注理论中 “天人合一” 思想的重要体现。
《素问・生气通天论》
“阳气者，一日而主外，平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭。是故暮而收拒，无扰筋骨，无见雾露，反此三时，形乃困薄。”
这段经文描述了人体阳气在一天中的变化规律，平旦阳气生，日中阳气隆，日西阳气虚，这为子午流注理论中不同时辰人体气血的盛衰变化提供了理论依据，如午时阳气最盛，子时阴气最盛等观点与之相关。
《灵枢・顺气一日分为四时》
“夫百病者，多以旦慧、昼安、夕加、夜甚，何也？岐伯曰：春生、夏长、秋收、冬藏，是气之常也，人亦应之。以一日分为四时，则朝则为春，日中为夏，日入为秋，夜半为冬。朝则人气始生，病气衰，故旦慧；日中人气长，长则胜邪，故昼安；夕则人气始衰，邪气始生，故夕加；夜半人气入脏，邪气独居于身，故夜甚也。”
文中指出人体疾病的变化与一日之中的不同时段有关，如同四季变化一样，早晨、中午、傍晚、夜半各有特点，这反映了人体生理功能和病理变化在不同时间的差异，与子午流注理论中根据不同时辰进行疾病诊断和治疗的时路相契合。
