大清帝国重臣曾国藩在《讨粤匪檄》中痛斥太平天国对儒家文化的摧残：
“举中国数千年礼义人伦诗书典则，一旦扫地荡尽。此岂独我大清之变，乃开辟以来名教之奇变，我孔子孟子之所痛哭于九原，凡读书识字者，又乌可袖手安坐，不思一为之所也。”
认为洪秀全此举实乃中国传统的极大破坏，是儒家文化的毁灭之举，是绝绝读书人后路之举。
我们也形成了太平天国摧残儒家文化的思维定式。
洪秀全与儒家文化
洪秀全严厉打击儒家文化的思维逻辑，由于他早期科举失利，本来熟读四书五经，结果没有好的结果，便借西方宗教之力，另辟蹊径，于是发明了拜上帝教，对传统文化进行全面摧毁。
其实，一开始，洪秀全还是借助儒家文化编写宣传小册子的。在《原道救世歌》、《原道醒世训》、《百正歌》等书中，以尧、舜、禹，周文、孔丘等为君正、臣正、父正、子正的典范，同时全多次引用《诗》、《书》、《易》、《大学》、《中庸》及汤、文、武的事迹，以证明上帝之存在、权能、恩德及与人事祸福之关系。
定都天京后（1853年），形势发生了变化。
太平军颁发诏书：“当今真道书者三，无他，旧遗诏圣书、新遗诏圣书、真天命诏书也。凡一切孔孟诸子百家妖书邪说者尽行焚除，皆不准买卖藏读也，否则问罪也。”
经洪秀全批准，出版了一本《诏书盖玺颁行论》，其中便有：“凡一切孔孟诸子百家妖书邪说者尽行焚除，皆不准买卖藏读也，否则问罪也。”南京城内以孔孟和儒家经籍为妖和妖书，开始禁绝、焚除儒学经籍和诸子百家书籍，违者严惩。
成立了删书衙，删改《诗经》、《论语》、《孟子》、《中庸》、《礼记》、《春秋左传》等儒家典籍中与太平天国教义不一致的内容，虽然，始终未出版删改后的四书五经。
杨秀清与儒家思想
杨秀清并没有洪秀全那样来对待儒家文化，一个方面他没有洪秀全的科举之痛，另一方面，在他理政期间，考量到人才选拔与使用的实际情况，需要儒家文人的帮助。
攻克武昌后，杨秀清去拜会孔庙；定都天京后，杨秀清玩“天父下凡”，强令洪秀全停止删改四书五经等毁灭传统之行为。
据曾在南京活动、熟知太平军中事、后投入清方的程奉璜述词：
癸丑四月，杨秀清忽称天父下凡附体云：天命之谓性，率性之谓道，以及事父母能竭其力、事君能致其身，此事尚非妖话，未便一概全废。(张德坚编：《贼情汇纂》卷十二，见《太平天国》第3册，第327页。)
可见，杨秀清以上帝的名义说这些话，对当时否定孔孟的做法提出了不同观点。
杨秀清还主张“人则尽孝悌，出则真忠报国”的人才观，实行儒家文化的理念。
儒家典籍浩劫
太平军起义后，江南地区的藏书楼遭到极大破坏。不但官家藏书楼，如镇江的文宗阁、扬州的文汇阁、杭州文澜阁；也包括民间私人藏书，“天一阁”、“海源阁”、“振绮堂”、“寿松堂”等，绝大部分藏书毁于太平军战火，所藏典籍散失殆尽。
天一阁戏台
