康熙十二年(1673年)十一月，镇守云南的平西王吴三桂诛杀云南巡抚朱国治，自称天下都招讨兵马大元帅，以"兴明讨虏"为旗号，宣布反清。由于吴三桂在永历十六年（1662年）在昆明弑杀南明永历皇帝朱由榔，吴三桂所谓的反清复明是没有人相信的。但吴三桂拉开的反清大幕，却也振奋了汉人反清复明的信心。
当时占据台湾以大明遗臣自居的明郑集团掌门人郑经（郑成功的儿子）认为这是“反攻大陆”的绝佳机会，于是郑经积极准备兵马，伺机反攻。康熙十三年（1674年）四月，镇守福建的耿精忠响应吴三桂，在福州斩杀清廷官吏，正式反清。耿精忠以提供战船给郑经为条件邀约郑经出兵协助自己共同打击清军，郑经遂以世子郑克臧为监国，命陈永华辅政留守。自率郑军主力渡海到厦门。郑经要求耿精忠将漳州、泉州两地让给自己作为屯兵屯粮之所，但此时的耿精忠已经基本歼灭了福建境内的清军，认为无需郑经助战，遂拒绝了郑经的建议。
于是，郑经用武力夺取了海澄、同安等地，再加上郑经部军纪严明，旗号又是反清复明，泉州、漳州、潮州等地的汉人反清势力纷纷归附，郑经势力大震。康熙十四年（1675年）正月，耿精忠与郑经出于共同应对清军威胁的角度考虑，达成和解，双方以枫亭（今仙游县枫亭镇）为界限，北方属耿精忠、南方属郑经，至此郑经已经控制了泉州、漳州、潮州三州之地。康熙十五年（1676年），郑经击败镇守广东的平南王尚之信，夺取惠州，迫使尚之信加入反清阵营，至此三藩全部反清，三藩之乱达到最大规模，郑经控制的地盘也达到极盛。
随着尚之信的反清，郑经周围也全部成了理论上的盟友，这也间接限制了郑经的扩张。耿精忠、尚之信皆为此前的降清将领，郑经则是郑成功余部，此前一直是死敌，现在勉强因为反清走到了一起，双方的矛盾其实是根深蒂固、不可调和的，随着清军的威胁暂退，他们之间的矛盾又开始浮现，继而又开始了南明的老传统——内讧。
康熙十五年（1676年）五月，耿精忠计划与吴三桂部夹击江西，继而使西南与东南两大反清基地连成一片，耿精忠征召自己的部将汀州（今长汀）总兵刘应麟从征江西，但刘应麟留恋八闽繁华，不想跟着耿精忠西征流血。于是，刘应麟暗中联络郑经，并将汀州献给郑经，以求郑经的庇护。郑经与耿精忠是盟友，按理说不应该接受盟友叛将，但郑经贪恋汀州城，私自接受了刘应麟和汀州城。郑经此举可谓赤裸裸地背信弃义，自然引起了耿精忠的极大愤怒，二人也由此决裂。
耿精忠把本来西征的军队用来东讨郑经、刘应麟，此举导致攻打江西的吴三桂部陷入孤军奋战的窘境，最终江西被清军控制，打通东南、西南的战略破产。而耿精忠在与郑经、刘应麟的交战过程中，江西境内的清军也趁机攻入福建境内，导致耿精忠受到清军、郑军的两面夹击，最终被清军击败，耿精忠不得不再次归降清军。
耿精忠败降后，郑经只得独立面对清军的压力，形势愈加不利。康熙十五年（1676年）十月，清军与郑经在乌龙江激战，郑经大败，被迫退守厦门，其先控制的泉州、漳州、潮州、惠州全部得而复失，郑经西征行动就此草草落幕。郑经西征可谓南明最后一次反清复明的努力，战事初期也算势如破竹，但因为郑经本人的短视再加上各路反清势力内部的矛盾，最终陷入内讧，导致功败垂成。不久以后，清军平定三藩之乱，大陆上的反清势力被全部荡平，困守台湾一隅之地的明郑集团末日也即将来临。
