2024年2月23日，上海市高级人民法院在上海铁路运输法院（以下简称上铁法院）成立了全国首家税务审判庭，集中管辖原由上海市基层人民法院管辖的以税务部门为被告的一审行政案件。税务审判庭成立一年来，着力从“助力中国营商环境世界排名持续提升”的政治高度来理解和谋划税务行政审判工作，聚焦纠纷化解、规则确立和预防争议，在维护市场主体合法权益、推动税收治理法治化等方面取得初步成效。
2025年2月，上铁法院税务审判庭采取穿透式审查方法，创新涉发票案件审理模式，追加上游税务机关为第三人参加诉讼，让上下游税务机关共同就虚开事实作出认定，有效打破了税务机关因为分段式管辖和执法而造成的信息壁垒，解开了此类案件中当事人权利救济的循环困局。
该案系一起受票企业因不服下游税务机关征缴税款及行政复议行为所引发的行政诉讼。受票企业即原告某石油公司收到开票企业开具的13张增值税专用发票（以下简称案涉发票），所涉增值税税额人民币148万余元（币种下同），全部认证抵扣。后上游税务机关外省某稽查局认定案涉发票为虚开，并向下游税务机关即上海市税务局第五稽查局（以下简称第五稽查局）发出已证实虚开通知单及协查函。第五稽查局经调查作出税务处理决定（以下简称被诉处理决定），认为暂无证据证明某石油公司恶意收受案涉发票，决定追缴增值税148万余元，附加税费17万余元，但不加收滞纳金。某石油公司不服，向上海市税务局申请行政复议。上海市税务局经审查后作出行政复议决定（以下简称被诉复议决定），维持了被诉处理决定。某石油公司收到被诉复议决定后，以其与开票企业之间具有真实交易为由起诉至上铁法院，请求判决撤销被诉处理决定及被诉复议决定，责令税务机关退还税款。审理中，经上铁法院主持，某石油公司与税务机关就行政争议达成和解，自愿申请撤回起诉。
【协调化解的主要做法】
（一）通知上游税务机关参诉，防止程序空转
庭审前，上铁法院经检索，该类下游税务机关征缴税款处理决定案件传统审理思路认为，上游税务机关所作认定虚开增值税发票的处理决定系有权行政机关作出，具有行政行为的确定力，下游税务机关可直接将之作为税务处理决定的事实证据。而税务执法中，在上下游税务机关对于开票企业与受票企业之间是否存在真实交易等关键事实的认定出现分歧时，下游税务机关一般会囿于上游税务机关已作出的虚开认定，即便认为存在真实交易，也会作出追缴增值税及附加税费的税务处理决定。故传统审理模式下，上游税务机关如不撤销其所作的具有确定力的税务处理决定，下游税务机关所作税务处理决定符合法律规定，并无不当。在此情况下，上铁法院认为，本案中某石油公司与开票企业的交易已经税务机关认定为真实交易，其作为善意取得发票的企业，因取得的发票被认定为虚开而不得抵扣进项税额显然并不合理，如简单审查被诉处理决定合法性并判决驳回原告诉请，某石油公司的进项税额抵扣权益亦很难通过其他渠道得到救济。故上铁法院聚焦案件的关键事实即某石油公司与开票企业之间是否具有真实交易，沿着下游税务机关即第五稽查局所提交的事实证据向上追溯，寻求上游税务机关即外省某稽查局的证据佐证。为此，上铁法院开拓思路，突破固有做法，通知外省某稽查局作为第三人参加诉讼。经与外省某稽查局积极沟通、充分释明，取得该稽查局的配合支持，由副局长亲自出庭参加本案线下庭审。
（二）查明关键事实，跨域协同化解
庭审中，第五稽查局、外省某稽查局均有行政机关负责人出庭应诉，有效回应某石油公司异议。上铁法院充分听取上下游税务机关的陈述意见，探明某石油公司的实质诉求为抵扣被认定为虚开的13张增值税专用发票。为实质解纷，上铁法院引导上下游税务机关围绕关键事实展开论证，搭建对话平台，深度互动交流，最终促成上下游税务机关对关键事实作出明确表态，还原事实真相，共同确认13张案涉发票存在真实交易，应作进项税抵扣。上铁法院组织各方当庭确定协调化解方案，有效推动涉税争议实质化解。
（三）发送协调化解函，保障诉求实现
庭审后，为尽快落实协调化解方案，上铁法院及时向第五稽查局发送了《协调化解矛盾建议函》并抄送相关税务机关，进一步明确协调化解方式、步骤及所对应的时间节点等细节，并采用定期询问进度，向当事人反馈情况等方式推动化解方案落地，保障当事人实质诉求实现，最终圆满化解本案涉税争议，某石油公司现已收到退税。
某石油公司委托代理人当庭激动地表示，他代理过很多类似的税务行政案件，某石油公司均以败诉告终，税务审判庭的这一审理模式让他第一次看到了希望，非常感谢上铁法院。某石油公司向上铁法院赠送锦旗表示感谢，收到退税后又再次致电，表示没想到能这么短时间内顺利完成退税流程，感谢上铁法院在其撤诉后仍不断推进退税进程，维护企业权益。
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