洪武三十一年，朱元璋的生命也走到了尽头，他把朱允炆叫到跟前，在说遗诏的时候，提到方孝孺时，满是赞许，还特意强调孝孺才学过人、忠心不二，千叮万嘱朱允炆一定要重用此人。后又安慰朱允炆，说那些居功自傲、心怀不轨的骄兵悍将，都被他处理了，让当自己安安心心的做大明的皇帝。
朱允炆思索片刻后说出了自己心底最担忧的事，问朱元璋要是外敌入侵，该怎么办？”朱元璋略带得意地缓缓说，我已分封诸王，让他们镇守边疆。外敌来了，你的王叔们会抵挡，你就安心做大明皇帝。
朱允炆虽年轻，却很有远见，他知道大明的隐患在内部，便紧接着问：“要是诸王有不轨之心，又该如何？” 这话一出，朱元璋沉默了好久，最终也没能给出个答案。
朱元璋驾崩后，朱允炆即位，年号建文。他重用方孝孺，推行宽仁之政，轻刑简狱、大赦天下，一心想开创太平盛世。可事与愿违，在兵部尚书齐泰和方孝孺建议下，为加强中央集权，建文帝决定削藩。短短一年，五位藩王被削，湘王朱柏不堪屈辱，举家自焚。这一下，彻底惹恼了坐镇北平的燕王朱棣。
建文元年，朱棣以“清君侧”之名靖难。仅仅四年，朱棣的大军渡过长江，兵临南京城下。军师姚广孝深知方孝孺的影响力，特意提醒朱棣：“方孝孺是当世大儒，名满天下，进城后他肯定不肯归降，但千万别杀他，不然天下读书人心都寒了。”朱棣点头答应。
南京城破，建文帝失踪了。朱棣召见方孝孺，想让这位大儒给自己起草即位诏书。方孝孺披麻戴孝，哭着走进大殿，面对朱棣的要求，他愤怒地写下“燕贼篡位”四个大字。
朱棣强压怒火，解释自己是效仿周公辅佐成王，说建文帝失德，自己才不得不登上帝位。方孝孺连连质问：“建文帝在哪？为何不立成王之子？为何不立成王之弟？”朱棣被问得火冒三丈，大骂建文帝无能，称皇位非自己莫属，还威胁方孝孺赶紧起草诏书，不然诛他九族。
方孝孺毫不惧怕，仰天大笑：“你就是诛我十族又怎样！”朱棣大怒，下令抓捕方孝孺十族，然后全部诛杀。方孝孺的妻子得知消息后，带着两个儿子自杀；两个女儿也跳入秦淮河身亡。方孝孺的弟弟方孝友明知此去是死，仍陪着哥哥走上刑场。刑场上，方孝友吟诵诀别诗：“阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂依旧到家山。”方孝孺听后，仰天长叹，说不出话来。
方孝孺也在南京聚宝门外被凌迟处死。不过话又说回来了，朱家自己的家事，又管你方家什么事？谁继位不一样呢？干嘛要搭上自己的十族呢？
