傅斯年1896年出生于山东聊城，他自幼聪颖，1913年考入北大预科，4年考试3次全班第一，之后进入北京大学学习。
在北大期间，傅斯年遇到了胡适，当时胡适26岁，傅斯年21岁，但胡适是青年教授，傅斯年则是学生领袖。当时一众学生看不起年轻的护士，傅斯年在听了胡适几节课后说：“这教授虽然书读得不算多，但至少没出现什么错误，诸位就别闹了。”胡适这才在北大立住脚。
1919年，五四运动爆发，北大等13所大学3000多学生汇聚天安门，举行示威活动，傅斯年作为“总指挥”扛着大旗走在队伍最前面。1945年，傅斯年等人去延安访问，毛泽东和傅斯年畅聊一晚，就谈到了傅斯年在五四运动中大出风头的场景，并盛赞他做出的贡献。傅斯年听后回应：“我们不过是陈胜吴广，你们才是项羽刘邦。”毛泽东认为傅斯年“未免过谦”。
五四运动之后，傅斯年在蔡元培的推荐下出国留学，先后在英国爱丁堡大学、伦敦大学、柏林大学就读，前后游学5年，虽然没有获得任何学位，但终成一代学问大家。
彼时北伐已经成功，傅斯年回国任教，创办中央研究院历史语言研究所，当选国民参政会参议院。至此，傅斯年又有了政治上的身份。
傅斯年的文章嫉恶如仇，目光犀利，其为人也是如此。进入政坛后，他在“美金公债案”中，搜集证据，炮轰“皇亲国戚”、行政院长孔祥熙，揭发其贪污舞弊，要求对中央银行、中央信托局进行清理整顿，孔祥熙最终辞去中央银行总裁一职，去了美国定居，从此离开政治舞台。
赶走孔祥熙后，傅斯年又对宋子文开炮，用《这个样子的宋子文非走开不可》和《宋子文的失败》两篇文章，骂得宋子文狗血淋头，逼得时任行政院长的宋子文也下了台。
1949年1月，陈诚接管台湾，当天就给傅斯年发去电报，“希先生速驾来台，共负巨艰”，邀请傅斯年这位知识界的代表去台湾站台，傅斯年到后担任国立台湾大学校长。此后，他效仿北大恩师蔡元培改革台大，使其成为亚洲一流名校。
史料记载，傅斯年为了办学，常常要蒋介石那里索要经费，而每次去，蒋介石也一定给他面子，让他满载而归。他是为数不多的敢在蒋介石面前跷二郎腿、抽烟斗的人。
傅斯年身体肥胖，患有高血压、胆结石等疾病，又性格急躁，容易动怒。1950年12月2日，傅斯年在答复教育行政质询时情绪激动，因脑溢血病发，逝世于会场，终年55岁。他死后，骨灰被葬入台大傅园之前。如今，台北有傅斯年纪念室，山东聊城有傅祠堂、傅斯年半身白玉雕像，可见其影响力。
