2025年2月28日，美国空军证实，在新接收的4架波音KC-46A“飞马”加油机中，有2架出现了结构裂缝，目前已经下令对整个机队进行全面检查。值得一提的是，截至2024年10月，美国空军已经接收了89架KC-46A加油机。
问题出在最新批次的飞机上，这批飞机原本要交付给某个军事交付中心。据美国空军发表的一份声明称，制造商在初步检查时发现了裂缝，因此波音公司正在采取行动，暂时停止交付，直到完全了解问题的原因，并实施有效的修复计划。波音公司表示，他们正在努力解决这一问题。
美国空军补充称，这些裂缝并未出现在任何控制面或铰链上，而是出现在主要或次要结构上。在对剩余飞机进行检查后，如果发现任何裂缝，相关飞机将会进行修理，然后才能恢复飞行。
与此同时，2024年11月21日，美国国防部与波音公司签订了第11批次15架KC-46A加油机的生产合同，价值23.9亿美元。这些KC-46A加油机将取代老旧的KC-135R，并填补KC-10A留下的空白。到2029年，美国军方希望总共拥有183架KC-46A加油机。
KC-46A加油机还出口到了日本（交付4架+9架订单）和以色列（4架订单）。最近，意大利放弃了购买6架KC-46A加油机的计划。此前，阿拉伯联合酋长国、马来西亚和印度尼西亚也都表示过兴趣。目前，波音公司也在向印度推销KC-46A，前几年也在波兰、韩国和加拿大进行过推销。
这并不是KC-46A加油机在部署过程中出现的第一个问题。早在2015年，也就是原型机试飞仅6个多月后，就在资格试飞中发现电气和燃料系统存在缺陷，导致首批量产飞机的交付延迟。随后，在对C-17A战略运输机进行加油测试时又发现了问题，原因是两架大型飞机在近距离飞行时气流相互干扰。因此，波音公司在液压系统中安装了一个安全阀，防止加油探头控制系统中压力过高。
另一个问题是远程视觉系统（RVS）提供的黑白图像分辨率过低，图像处理速度慢且放大效果不佳。研究表明，在某些条件下，强烈的太阳光反射和阴影会扭曲操作员的图像。因此，波音公司开发了远程视觉系统2.0版本，提供40英寸的4K分辨率显示器，取代目前使用的24英寸显示器，同时保留了3D成像功能。然而，美国空军建议使用准直投影系统代替液晶显示器。
2019年2月，美国空军在一架新接收的KC-46A加油机内部发现了波音员工遗留的工具和异物。这些异物出现在机身结构的空腔和地板下方，存在潜在的危险，可能会损坏机载系统或引发电气系统短路。2020年3月，又有报告称，KC-46A在加油试验中发现了燃油系统泄漏问题，但原因不明。2024年3月，由于燃料探针损坏，美国空军将接收时间延迟了2个月。
