邓兆祥出生于1903年，广东省高要县人。1914年，邓兆祥进入黄埔海军学校第16期学习，经过五年学习之后，他转入吴淞海军学校、烟台海军学校、南京海军鱼雷枪炮学校学习，于1922年从南京海军鱼雷枪炮学校毕业。
从南京海军鱼雷枪炮学校毕业之后，邓兆祥进入部队任职，先后担任了见习员、候补员、枪炮副、枪炮正、航海正和副舰长等职务，积累了丰富的海军建设经验。1930年，邓兆祥被送到英国格林威治皇家海军学院学习，期间，他学习了鱼雷、航海、信号、枪炮等专业，为以后成为一名优秀的海军指挥官奠定了坚实的基础。
1934年，邓兆祥返回国内，进入国民党海军部队任职，先后担任了副部门长、部门长、副舰长、水鱼雷营营长、海军第二舰队司令部参谋等职务。期间，邓兆祥不仅参与领导了国民党海军的军力建设，而且还积极培养优秀人才，为海军储备后备力量。
另外，在加强海军对外交流学习方面，邓兆祥也做了大量工作，尤其是1946年，他率领国民党一批海军人员前往英国交流学习，极大开拓了这些海军人员的视野。1948年，邓兆祥被委以重任，担任了重庆号巡洋舰上校舰长。
值得一提的是，当时“重庆号”是国民党海军最大的巡洋舰，国民党能让邓兆祥担任这一职务，足见对他的重视。不过，随着解放战争的进行，邓兆祥也逐渐看清了国民党的丑恶嘴脸，他也意识到不能再为国民党服务。同时，邓兆祥也是个坚定的爱国者，他反对内战，渴望和平，在这种背景下，1949年2月，邓兆祥率领“重庆号”的全体官兵脱离国民党部队，加入了我军。
加入我军后，邓兆祥率部北上，到达东北，担任了安东海军学校校长，新中国成立后，他又担任了青岛海军快艇学校校长以及第一海军学校副校长等职务，致力于为我军海军培养优秀人才。期间，邓兆祥认真负责，乐育英才，严谨治学，精心授教，为培养海军优秀人才倾注了大量心血，作出了巨大的贡献。
1955年授衔时，邓兆祥被授予少将军衔，成为开国少将。授衔之后，邓兆祥又担任了海军青岛基地司令部副参谋长、海军青岛基地副司令员以及海军北海舰队副司令员等职务，继续为我军海军的各项建设殚精竭虑地贡献。
值得一提的是，1959年，邓兆祥的侄子还专门从国外返回，以探亲的名义策反邓兆祥，被邓兆祥义正言辞地拒绝。1965年，邓兆祥加入了我党，成为一名光荣的党员。在1966年开始的那段特殊历史时期中，邓兆祥也受到了冲击，但他始终保持着一个党员的铮铮铁骨与革命乐观主义精神，与造反派进行了坚决的斗争。
1981年，邓兆祥晋升为海军副司令员，任职期间，他经常深入基层指导工作，在战备执勤、军事训练、护渔护航、抢险救灾等方面做了大量工作，是我军海军现代化与正规化的功臣之一。1983年，80岁的邓兆祥当选为第六届全国政协副主席，成为一名副国级干部，此后他又当选为第七届以及第八届全国政协副主席，继续为新时期我军的建设献言献策，做力所能及的工作。1998年，邓兆祥因病去世，享年95岁。
