乾隆年间，时隔将近1000年，西域再次纳入到了中国的版图。然而，此时西域的民族成分、宗教信仰和汉唐相比都发生了天翻地覆的变化。因此，控制、管理新疆的难度骤然提升。在灭准噶尔汗国之后，乾隆先后平定了阿睦尔撒纳之乱、大小和卓之乱，最终才让新疆稳定下来。然而，到道光初年，新疆再次发生叛乱，一场保卫祖国领土的战争即将爆发。
一，张格尔之乱背后的国际阴谋
1820年，嘉庆帝去世，道光帝即位。就在道光即位的第10天，新疆就爆发了叛乱。似乎清朝每一个皇帝上台之初都要经过一场战争的洗礼，如顺治有山海关之战、康熙有平定“三藩之乱”，雍正有平定青海罗卜藏丹津之乱，乾隆有平定古州苗乱，嘉庆有平定白莲教起义，而新疆的张格尔之乱则是对道光皇帝的考验。
和之前的叛乱不同，张格尔叛乱已经和西方列强的扩张有了联系，是清朝和西方列强较量的一部分。当时，俄国在中亚迅速扩张，英国则试图打通从印度通往中国的道路。早在乾隆时代，英国人就试图在西藏渗透，想和西藏单方面签订通商条约，遭到了驻藏大臣的拒绝。后来，英国的间谍进入新疆地区，遭到了当地百姓的驱逐。
随后，英国就利用浩罕国的野心，试图在中国西北打开一个缺口。浩罕国是中亚的伊斯兰国家，于1710年建立。1760年，摄于清朝平定大小和卓的武功，浩罕国臣服于中国。后来，浩罕国不断对外扩张，占据了北到咸海—锡尔河，南到喀拉提锦山的广大土地。
浩罕国强大起来后，将扩张的野心对准了中国新疆。乾隆时代，在新疆开辟了多个口岸进行对外贸易，“回疆自开辟以来，奏定章程外夷货物入卡贸易，每三十分抽税一分”，如此低的税收已经非常优惠了。但是浩罕国并不满意，他们想谋求免税权。同时，浩罕国垂涎新疆的财富和土地，英国则想借助浩罕国的力量在西北渗透。
浩罕国手中的王牌就是张格尔。原来，清朝平定大小和卓之乱时，大和卓的儿子萨木萨克逃亡到了浩罕国，后来这里生下了一个野心勃勃的儿子，也就是张格尔。张格尔时刻想着恢复家族在南疆的统治，建立一个伊斯兰国家。他早期曾经在英属阿富汗学习，接受了英国的训练，得到了英国的支持。
当时清朝在新疆的治理也的确出现了诸多的危机。例如，清朝派遣到南疆的官员腐败，而南疆各城的城主则狐假虎威，大肆搜刮，导致阶级矛盾尖锐，民怨沸腾。张格尔正是看准了这样的时机，准备利用家族的宗教地位在南疆呼风唤雨。
二，张格尔之乱爆发，清军初胜阿克苏
1820年，在英国和浩罕国的支持下，张格尔带领300多人潜入了南疆，煽动当地民族作乱。清朝领队大臣色普徵额立即带领进击，将其全歼，张格尔只带领20多人逃回了浩罕国。
对于这件事情，新上任的道光帝告诫新疆官员不要扩大牵连范围，可是参赞大臣斌静却将80多名俘虏全部处死了。道光帝大怒，要求严查，查出斌静的贪污腐败、专恣暴虐的作为，将之发配黑龙江。1825年，大巴彦巴图带领清军200人在南疆搜捕，结果妄杀了布鲁特游牧民妇女儿童100多人，激怒布鲁特人，其首领汰列克率兵2000人追袭清车，将200清军全部围歼。
而张格尔逃亡浩罕之后，由英国提供装备，组织训练军队，准备再次入侵新疆。1826年，张格尔见新疆出现了布鲁特事变，于是和英国教官等300人进入了喀什北部的阿图什，继续以拜祖的名义煽动群众作乱。新上任的喀什噶尔参赞大臣庆祥立即派遣1000人前往进击，歼灭了张格尔的大部分部队。
张格尔带领100多人突围，继续煽动百姓。鉴于自己势单力薄，他立即向浩罕国求援，约定一起攻破喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗四城，战利平共享，并将喀什噶尔割让给浩罕国。于是浩阿里汗带领一万军队进入南疆，进攻喀什噶尔。不过很快，浩罕军队就损失惨重，不得不退兵。
不过浩罕国有3000军队接受了张格尔的引诱，于是留下了继续帮助张格尔侵略。经过70天的围攻，喀什喀尔的清军最终粮草用尽，城池沦陷，参赞大臣庆祥等自杀殉国。与此同时，南疆多城都爆发了叛乱，英吉沙尔、叶尔羌、和田三城也沦陷了。随后，张格尔自称“赛义德·张格尔苏丹”，准备进攻乌什、阿克苏、库车、辟展四城。
清代新疆
事态扩大后，道光帝立即任命陕甘总督杨遇春为钦差大臣，带领陕甘500军队前往哈密，同时又令山东巡抚武隆阿率吉林、黑龙江八旗精锐骑兵3000人前往支援，使得总兵力达到了3万人。
当年八月，清军和张格尔在阿克苏展开了大战。阿克苏是南疆的中心之城，地理位置非常重要。阿克苏办事大臣长清先命令参将王鸿仪带领600人前去拦截张格尔，但是惨遭全军覆没。此战后，叛乱距离阿克苏仅80里了，而阿克苏当时兵粮很少，孤立无援，非常危险。
不过，战局很快就发生了扭转。叛军准备强渡浑巴什河时，库车、喀喇沙尔方面各派一支援军到达了河流南岸，并得到当地百姓的支持。清军击退了张格尔，叛军损失了1000多人，不敢东进。此战，成功遏制住了张格尔的进攻势头，成为了整个战局的转折点。
三，清军屡战屡胜，南疆再次安定
张格尔在浑巴什河战败，由此不敢东进，而清军则不断集结于阿克苏，准备反击。冬季，清军基本集结完毕。1826年年底，清军和张格尔军在柯尔坪实行决战，结果叛军损失了3000人，张格尔不得不撤退。柯尔坪之战的胜利，标志着清军大反攻开始了。
当时，清军计划兵分两路：主力正面追击张格尔，偏师翻越巴什雅哈玛山，到达巴尔曷山草地，阶段叛乱退路，形成两面夹击之势。不过长龄认为乌什边外路险难行，这里的布鲁特部叛服情况不明，不能孤军深入。而阿克苏、库车、乌什等地又需要军队镇守，因此不主张分兵。最终，长龄带领2.2万军队从正面进攻叛军。
军队出发了半个月，粮草用尽，只能杀骆驼和瘦马充饥，可见当时在南疆行兵之困难。二月十三日，清军抵达了洋阿尔巴特，在此遇到2万叛军。长龄不愧是清朝中期少有的名将，他将军队一分为三，以杨遇春为右，武隆刚为左，带领带领中军，对叛军进行包抄式的进攻。经过一阵猛攻，叛军败逃，清军追击30击，一共歼灭叛军1万人，俘虏3000人。
二十五日，清军到达了沙布都尔，这里“多树苇，决水成沮洳，贼数万临渠横列”。长龄继续将清军分为三路，以步兵在前，骑兵在后。步兵渡河正面攻击，骑兵从两翼迂回包抄。最终，叛军再次溃败，清军追杀40里。不久，叛军援军到达，又被清军击退。此战，清军消灭叛军达4万多人。
很快，清军就到达了阿克瓦巴特，这里是喀什噶尔的门户，非常重要。张格尔则带领10万大军来和清军决战。清军以大炮猛烈轰击叛军阵营，再以藤牌兵杀入敌阵，随后清朝骑兵从两翼包抄过来，叛军溃败，清军再次追杀几十里。此战，清军歼敌2万多人，俘虏2000多人。
虎衣藤牌兵
第二天，叛军在浑河南岸和清军对峙，他们列阵20里，挖了三道壕沟，修建了土墙。战斗开始，双方互相用大炮轰击。到了晚上，突然狂风大作，撼木扬沙，天昏地暗。长龄认为叛军占据优势，决定后撤10里。但是杨芳认为机不可失。于是，清军派遣1000骑兵绕到侧翼袭击，长龄、杨遇春则带领主力到达河流上游，渡河后直扑叛军大营。叛军惊慌失措，清军大开杀戒，此战清军歼敌6万人，俘虏4000人，张格尔的主力基本被消灭。
随后，清军陆续收复了南疆大小城市，歼灭叛军几千人，南疆彻底平定。张格尔失败后，到处逃亡，浩罕国也不愿意接纳了。到年底，长龄放出谣言，说新疆百姓希望张格尔回来支持反清大业，张格尔信以为真，带领500人再次进入南疆。清军将领杨芳趁机猛追，将之活捉。1828年五月，张格尔在北京被斩首。
平定张格尔之乱后，清朝再次调整了新疆的防御：北疆由乌鲁木齐都统专辖，南疆由喀什噶尔参赞大臣专辖，两路都归伊犁将军管辖。同时，加强对各城官员的选拔和监督，尽量避免贪污腐败现象的发生。在新疆寓居时间不达10年的外国人，全部遣返。寓居超过10年的，如果行为可靠，就可以永久居住。为了增加屯田规模，长龄建议清朝将叛军的土地全部转移给内地移民，使之屯田，这是有利于巩固边疆的。
同时，清朝对浩罕国进行了经济制裁，关闭了和浩罕的贸易口岸。原本浩罕国已经成为丝绸之路上的中转站，被清朝制裁后，大量的货物直接从新疆的叶尔羌等城转运，浩罕物价飞涨，出现了两年的经济危机。同时，清朝也不承认浩罕国的地位，双方矛盾继续存在。在张格尔叛乱后，浩罕国和清朝又发生了战争，最终也是清朝胜利。
平定张格尔之乱，前后调动4万大军，用了1200万两白银，对清朝当时的财政造成了更大的压力。但是，这场战争是必须要打的，而且清朝打得相当漂亮。此战，再次维护了中国的领土主权完整，在中国历史上具有重要的地位。
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