1992年，南斯拉夫解体后，我国与各"继承国"很快建立了外交关系。1993年，李肇星担任我国常驻联合国代表时，被授权与马其顿常驻联合国代表马莱斯基在纽约进行建交谈判。李肇星按国内指示提出了中方关于建交公报内容的建议，其中包括我们在台湾问题上的立场。
马其顿总体很爽快，接受了我方提出的建交公报内容，但他们强调在公报中只能用马其顿宪法规定的"马其顿共和国"这一国名，而不能用马其顿加入联合国时使用的"前南斯拉夫马其顿共和国"这一称谓。我们同意了马方这一要求，很快达成一致，并签署了中马建交公报。
马其顿在国名上坚持己见，这与它和邻国希腊的争议有关。马其顿独立后，宪法定的国名为马其顿共和国。希腊则声称，历史上马其顿是个广泛的地理概念，包括希腊的部分领土，马其顿用这个国名表明它对希腊怀有领土野心，坚决反对。最终，作为妥协方案，马其顿以"前南斯拉夫马其顿共和国"的临时名称加入了联合国。但马、希两国围绕马其顿国名的争执一直未断。
一次，李肇星劝希腊朋友，世界上重名的多了，在中国叫"赵军"、"李军"、"张丹"、"王丹"的人都超过10万。一个国家的国名，只要符合国际关系准则就行，别国不必太介意。我国以马其顿宪法国名与其建交，并在双边交往中一直使用这国名。在多边场合，我们则根据联合国有关决议使用"前南斯拉夫马其顿共和国"这个名称。为此，许多国家称赞我国的公道，善意和对别国的尊重。
2005年3月，李肇星作为外长访问了波黑，8月又来到马其顿、塞尔维亚和黑山。李肇星去塞黑前，塞黑驻华大使莫姆契洛维奇到外交部欧洲司抱怨，上次李肇星外长访问巴尔干国家没有去塞黑，他本人因此受到国内批评。两国关系友好，彼此给对方很多支持，塞黑又是最早公开赞成中国全国人大通过《反分裂国家法》的国家之一，希望李外长这次无论如何要去一下贝尔格莱德。
就涉台问题做工作是李外长访问前南几个国家的原因之一。20世纪90年代末和21世纪初，台湾当局利用前南地区多年动乱，浑水摸鱼，大搞"金钱外交"，马其顿曾一度倒向台湾。1999年我国在联合国安理会被迫用一次否决权，反对关于联合国驻马其顿预防性部署部队延期的决议草案。不久，马其顿就改正错误，决定与台"断交"。
这次访问塞黑，和李肇星外长一起访问的欧洲司陈波处长，曾在1999年的"炸馆事件"中受伤，得到美国的一点儿赔偿。访问途中，有位同志问陈波得到了多少钱。李肇星一听，似乎很不高兴，就激动地插话说道：“你怎么能这样说话？钱算什么？一位女同志50多天在枪林弹雨中坚守岗位，这种不怕牺牲的精神怎么能用金钱衡量？她受到的伤害，也不是区区几块破美元能够补偿的。”
那位同志见李外长如此激动、动怒，放知说错了话，顿时不好意思地低下了头，再也不敢言语。
访问期间，李肇星一行专门去了一趟被炸的驻南联盟使馆旧址，敬献了花圈，表达了对三位烈士的哀思。看着那些残垣断壁，李肇星对陪同的李国邦大使说，有些东西应该带回国，陈列在部史馆。"炸馆事件"可以教育我们的外交官，特别是青年外交官。现在是和平年代，但外交工作同样会遇到风险，外交官要有不怕苦、不怕死的精神。
在与塞黑外长德拉什科维奇见面时，李外长说：“我和我的同事刚刚凭吊了被美国导弹炸过的使馆，心情十分悲愤。我已要求驻塞黑使馆将有纪念意义的物品，像炸弯了的窗框、烈士生前用过的家具送回国内，以教育中国的年轻人。这事希望外长帮助。”
德拉什科维奇说：“塞黑强烈谴责美国轰炸中国使馆的野蛮行径，对不幸遇难的三名中国烈士表示深切哀悼。关于留在被炸使馆内的部分物品运输问题，他将指示有关部门向中方提供便利。”
访问塞黑期间，德拉什科维奇外长为李外长一行举行午宴，中方共有10人参加。李肇星让中方每人作一段三分钟演讲，就是即席发表一篇祝酒词。有的年轻人听李肇星这样安排，顿时有些紧张，以为李肇星要考他们，让他们用外语致辞。其实，李肇星不是想考他们，而是给他们提供一次锻炼机会，李肇星让他们讲中文，再相互帮助译成塞尔维亚语。午宴的气氛变得十分活跃。活动后，有人说，这是他第一次在外交场合发表讲话。李肇星说：“对，世上没有免费的午餐，只吃不说不行。”
这些前南国家对我国都很友好，也都心里有数，知道我们最关心台湾问题。马其顿女外长米特雷娃一见面就对李外长说，马其顿已重新回到正确立场，将继续坚持一个中国政策，为此，李外长称赞她是马其顿最优秀的姑娘，她听后，灿烂地笑了。波黑部长会议主席特尔兹奇对李肇星说，波黑理解中方制定《反分裂国家法》，将一如既往地支持中国的统一大业。塞黑领导人也表示在台湾问题上将永远支持中国的立场。
支持是相互的。波黑当时正竞选2010至2012年度联合国安理会非常任理事国、希望中国帮忙。李外长说：“中国乐见波黑作为独立主权国家在国际社会发挥积极作用，将认真考虑波黑的竞选。”波黑方面听了非常高兴。
由于长年战乱，波黑地雷隐患严重。我国派维和民警和民事官员参加了联合国在波黑的维和行动，为波黑经济重建和消除雷患提供了不少帮助。1998年，我国向"联合国协助扫雷自愿信托基金"指款10万美元，专项用于波黑扫雷行动。2000年，我国与联合国在南京合作举办国际扫查技术培训班，邀请波黑派人参加。
可惜，李肇星访问后的第二年，即2006年，塞黑作为一个国家共同体也从世界上消失，分裂为塞尔维亚、黑山两个国家，南斯拉夫作为一个国家彻底地成为了历史。
