众所周知，在此前的跨军地改革中（具体时间是2019年1月初），公安边防部队整体退出武警现役序列，随后我国统一在各省、自治区、直辖市设立了相应的出入境边防检查总站（前身是公安边防总队），规格级别均为正厅局级、执行人民警察编制。
但实际上，这并非是我国首次设立出入境边防检查总站，早在1997年12月——1998年7月，当时的公安部出入境管理局就陆续在“北京、深圳、天津、上海、广州、珠海、汕头、厦门、海口”这9个城市推行了边检职业化改革试点工作。其具体举措便是在这9个城市设立出入境边防检查总站，如天津出入境边防检查总站、海口出入境边防检查总站、广州出入境边防检查总站等（规格起初为副厅级，之后除汕头、海口之外的7个城市边检总站于2011年才升格为正厅局级），且边检人员由过去的现役制武装警察转为职业制人民警察。而边检职业化改革试点工作的实施，普遍被外界视为是我国在口岸管理体制上的一个重大突破。
上述9个出入境边防检查总站成立运行后，直接由公安部出入境管理局垂直领导管理，在编人员按照《人民警察警衔条例》确定警衔等级、授予警衔，并采取先考核上岗、再按国家统一部署有计划地逐步过渡到国家公务员身份的运行模式，从而保证了队伍的稳定和工作的连续性，很好地维护了边防口岸的正常秩序、树立了人民警察的良好形象。
相比之下，当时暂未实施边检职业化改革试点工作的口岸城市，其边检工作仍是由公安现役部队负责（公安现役部队的最高领导机构是公安部边防管理局），但在业务上接受公安部出入境管理局的指导，这就是所谓的行政、业务双重领导体制。而9个出入境边防检查总站则是在行政和业务上均统一接受公安部出入境管理局的垂直领导，其日常运行管理更加规范高效。
时间到了2018年4月，副部级的国家移民管理局正式成立运行，由于国家移民管理局是在原公安部边防管理局和公安部出入境管理局基础上合并组建的，所以上述9个出入境边防检查总站自然就转隶国家移民管理局垂直领导了。
与此同时，根据《深化党和国家机构改革方案》，原先公安边防部队下辖的30个公安边防总队统一退出武警现役序列，公安边防部队转到地方后成建制划归公安机关，并结合新组建国家移民管理局进行适当调整整合，现役编制全部转为人民警察编制。
在此过程中，30个公安边防总队主体都是转制改编为相应的出入境边防检查总站，仅有少量公安边防部队是转隶地方公安系统（比如沿海公安边防支队、云南公安边防总队水上支队等）或转隶武警内卫部队（比如广东公安边防总队下辖的部分边防支队是转隶武警广东总队）。
需要说明的是，由原先的公安边防总队改编组建而成的出入境边防检查总站，其标准命名方式是“省份名+出入境边防检查总站”，如浙江出入境边防检查总站、辽宁出入境边防检查总站、广西出入境边防检查总站、新疆出入境边防检查总站、湖南出入境边防检查总站等。
但是，由于“北京、深圳、天津、上海、广州、珠海、汕头、厦门、海口”出入境边防检查总站早就已经成立了，所以涉及这9个城市区域的公安边防总队改革就是结合9个职业化边检总站来组建的，且保持既有称呼（北京市比较特殊，军改前北京并没有配备公安边防总队）。
例如，原海南公安边防总队部分力量与原海口出入境边防检查总站整合改编为新的海口出入境边防检查总站，原天津公安边防总队部分力量与原天津出入境边防检查总站整合改编为新的天津出入境边防检查总站，还有“广州、珠海、深圳、汕头”四个出入境边防检查总站则是结合原广东公安边防总队的力量整合为新的“广州出入境边防检查总站、深圳出入境边防检查总站、珠海出入境边防检查总站”。至于原厦门出入境边防检查总站是与原福建公安边防总队整合组建为新的厦门出入境边防检查总站。
这也是为什么我国现有33个出入境边防检查总站中，有的是以省份名称冠名的、还有的则是以城市名称冠名的原因所在。
