1959年，彭老总因为在庐山会议上“直言进谏”而遭到严肃批评，继而被扣上了“反毛主席”、“反革命”的帽子，和彭老总关系匪浅的邓华将军为此很是不满，他随即挺身而出为彭老总仗义执言，严词驳斥了一些不良论调，极力维护彭老总的盛誉和名望。可邓华毕竟孤掌难鸣、人微言轻，他最终非但没能帮彭老总脱困，反而将自己也“搭”了进去，被打成了所谓的“黑司令部干将”。
庐山会议结束后不久，彭老总即被革除一切职务，同时被迫搬出中南海，转往西山居住；而邓华的境遇则更加糟糕，他不仅被革职，而且工资也停发了，日常只能靠妻子工作养家，而邓华曾经的战友因为担心受到牵连，也不敢贸然和邓华来往，他一下子成了“孤家寡人”，满肚子牢骚无处倾诉。
时间来到1960年，庐山会议的风波稍微平息了一些，邓华的处境也随之慢慢好转，当年6月，中组部在经过认真思考后，决定安排邓华前往四川担任副省长，专管农业建设也发展工作，邓华欣然应允，马上收拾行李赶往四川。时任四川省委书记的李井泉同志对邓华的到来十分欢迎，他特地设宴招待邓华，席间还对邓华多有劝勉和安慰。
后来，邓华以省委干部的身份，出席了省委工作会议，当时有很多同志对邓华仍持有反对态度，一再出言讽刺、指责邓华。但邓华为了息事宁人，并没有反驳这些同志，一个人默默的承受着舆论压力，后来李井泉实在看不下去了，主动站出来帮邓华解围，避免事态进一步发酵。邓华因此对李井泉十分感激，一度将他视为雪中送炭的“恩人”。
除了李井泉之外，时任成都军区司令员的贺炳炎也对邓华很是关照，他经常登门拜访邓华，邓华在生活、工作上有什么困难，贺炳炎也会及时伸出援手帮助他。此外，贺炳炎还一直鼓励邓华要向前看，总有那么一天，党中央会给邓华平反，将他重新召回北京委以重任。不过贺炳炎和邓华之间的友谊并没有延续多久，就在1960年下旬，贺炳炎便因病去世看了，邓华得知这个噩耗后不禁悲从中来，忍不住泣下热泪，三天后，邓华参加了贺炳炎的追悼会，送这位老友走完了人生的最后一程。
1973年，成都军区迎来了新任司令员秦基伟将军，他和邓华算是老相识了，两人曾经同在朝鲜抗击联合国军，谱写了一曲壮丽的革命长歌。也正因为如此，秦基伟对邓华很是敬重，他刚上任没多久便主动请邓华吃饭，席间两人一起回想了在朝鲜的时光，并借着旧事一醉方休。
1974年，成都军区和四川省委联合召开了一次军政会议，邓华本着多一事不如少一事的原则，主动挑了一个靠近角落的座位坐下来，准备安安静静的听取其他同志的意见。但秦基伟却主动邀请邓华到主席台就坐，中途还请他讲话、发言，可谓给足了他面子。
1975年，秦基伟即将被调到北京工作，临别之际，他专门给邓华打了一个电话，嘱咐他稍安勿躁，自己到北京之后会想办法帮他平反。1976年动荡结束之后，在秦基伟等人的运作和推动下，彭老总、邓华陆续获得正名，1977年，邓华得以重新返回部队，出任军科院副院长，兼任中央军委委员，任期内，他一边积极推动解放军革除“左倾”思想，结束阶级斗争，重新回归发展的正轨；一边帮助其他在动荡时期受委屈的老同志平反。
1979年，邓华因为身体原因无法再继续履职，遂主动退出一线，开始过疗养生活，晚年他经常对家人提起李井泉、贺炳炎和秦基伟三人，称当年要不是他们施以援手，自己恐怕凶多吉少。1980年，邓华将军病重去世，时年七十岁。
邓华的儿子邓穗也是一位优秀的革命战士，他1970年报名参军，曾在成都军区某步兵团服役，历任班长、代理排长等职务，1973年，他光荣转业，前往四川某机械厂当工人。动荡结束后，邓穗参加了高考，并以优异的成绩被成都工学院（也就是现在的四川大学工学院）录取，主修电气自动化相关专业，1981年，他顺利毕业，随后被反安排到某军管研究所工作，2010年，他退出领导岗位，目前定居于四川某干休所。
