令狐冲和任盈盈归隐十年后，向问天病逝，新任教主刑峰逼迫任盈盈回教任职，以掌控数千外围势力。令狐冲和任盈盈携子远避昆仑，仍被刑峰派人找到。令狐冲力战强敌，却遭衡山剑派左朗暗算，坠入深渊，任盈盈被迫带着儿子令狐止回归神教。
令狐冲虽坠万丈深渊，但任盈盈一直坚信夫君未死。果然，三年之后，令狐冲王者归来，独孤九剑大成，剑气满天，以摧枯拉朽之势击杀刑峰、左朗等敌人，随后解散日月神教。原来，令狐冲跌入的深渊，恰好是当年张无忌修炼“九阳神功”并埋经之处。
树欲静，风不止
令狐冲和任盈盈隐居梅庄后，不理世事，每日琴箫相娱，日子过得如神仙一般。七年后，任盈盈诞下一子。当时，她笑着说令狐冲的名字中有一个“冲”字，行事便毛毛躁躁，冲动误事，不如孩子就叫令狐止吧。希望他做事之前，能够先停下来想一想。令狐冲说，当日在洛阳小巷，若不是我冲动之下，想跟您这位高人婆婆学《笑傲江湖》曲，我们最后又怎会在一起呢？
任盈盈想起两人初相识的往事，心中涌起无限柔情，忍不住和令狐冲双手紧握。令狐冲感叹道，我令狐冲本是一位行遍天涯的浪子，只肯为你停下脚步，因此你为孩子取的这个“止”字，可谓恰如其分，再合适不过。于是“令狐止”这个名字，就这么定了下来。
令狐冲百日时，向问天亲自来到梅庄祝贺，身边还跟着一位和令狐冲年纪差不多的青年。青年唤作刑峰，他气度沉凝，谦和有礼，但却使令狐冲却想起了自己的师父岳不群。向问天撇开刑峰，私下问令狐冲和任盈盈对刑峰的观感如何。令狐冲说自己看人眼光差，不予置评。任盈盈表示刑峰一副谦谦君子的做派，不知是否表里如一。不过她早已不管神教事务，向问天自己做主便好。
向问天苦笑道，他急着寻找继任之人，是因为旧伤复发，回天乏术，最多只剩下三年的寿命。他怕自己一死，继任的教主如果是个热衷权力之人，势必会在江湖中再度大动干戈，掀起腥风血雨。令狐冲和任盈盈身份特殊，到时怕也会卷入无尽的纷争之中。向问天表示，刑峰此人武功了得，品性纯良，又没有什么野心，正是接任教主的最好人选。
令狐冲和任盈盈听到向问天只剩下三年寿命，都是心中大惊，想着该怎么救治向问天，所以他后面说的一番话便没怎么听得进去。两人言辞殷切，想出种种办法救治向问天，令向问天很是感动。但他也表示令狐冲和盈盈所说的方法都已用过，但因为他已过花甲之年，气血衰弱，所以这些方法效果都不大。向问天反过来安慰二人，说自己想到可以很快在泉下见到老教主，很是高兴。
三年后，向问天病逝，令狐冲和任盈盈携令狐止前往黑木崖吊唁。向问天病逝半年之前，已扶持刑峰登上了教主之位。葬礼之后，刑峰接见令狐冲一家，寒暄过后，他提出希望任盈盈能够回归神教，帮忙节制蓝凤凰、祖千秋等外围势力。任盈盈道，向叔叔接任教主后，放松了外围势力的管控，也是向正道表示，日月神教无争霸之心。以神教现在的人手，足够自保有余，又何必再生事端呢？刑峰又劝了几句，但任盈盈态度坚决，终未答应刑峰的请求。
赴昆仑，遭暗算
回到梅庄之后，令狐冲和任盈盈商议，说这刑峰刚一上台，便想着扩大势力，显然是一个野心之辈，向问天终究是看走了眼。任盈盈道，武林此后怕是要多事了，你我虽在梅庄，怕是也难置身事外。令狐冲道，以夫君我现在的剑法，不惧天下任何一人，只是孩儿尚且年幼，怕是会连累到他。盈盈，你不是一直想去采雪莲么？不如我们一家三口，去昆仑住上几年，也算是散散心。任盈盈心道这也是一个不错的办法，欣然同意。
于是，一家三口简单收拾行装，便向昆仑而去。一个月后，三人经过衡山，令狐冲在山脚下的小镇流连，希望可以遇到莫大先生，畅叙离情。街市上，令狐冲见几个地痞流氓欺负一个老人家，正想出手教训他们一下，一位白衣青年已抢先出剑，只用了数招便收拾了几个地痞流氓。一旁的令狐冲看出青年剑法高明，且用的是衡山剑派的剑法。
令狐冲心中一动，上前询问，结果这青年不是别人，正是莫大先生近年来收的关门弟子左朗。左朗听说面前的人是令狐冲，登时双眼放出光来，立刻就要随侍左右，只盼令狐冲能指点几招他的剑法。令狐冲见左朗剑法高明，又有侠义之心，心中便有了几分喜欢，便同意他一同前行。左朗和令狐冲年纪相仿，但江湖经验却似比他强上许多，一路安排住宿吃食都十分周到。令狐冲闲暇之余，便随口指点几句左朗的剑法，作为报答。
如此又过了两月有余，一行人终于抵达昆仑。在山脚下的小镇，令狐冲和任盈盈抱着孩子四处转悠，左朗则去找合适的客栈住宿。左郎刚去不久，便折返回来，神色慌张地说，前方客栈有数十名日月神教中人，在等他们自投罗网。令狐冲想不到刑峰贼心不死，竟派人追到了这里，心情激愤，立刻便说要杀将过去，让他们尝尝“独孤九剑”的厉害。
左朗急忙劝住令狐冲，让他为任盈盈和孩子想想。令狐冲刚冷静下来，就发现几个身着日月神教服饰的人，远远向他们追来。令狐冲和任盈盈对望一眼，一家人和左朗便向山上奔逃。然而，这些教众武功也相当厉害，令狐冲一行人始终摆脱不掉。终于，令狐冲四人被逼到了一处悬崖边。令狐冲探身一看，只见云雾阻隔，不知下面山谷有多深。
片刻之后，三四十名日月神教中人追了上来，一位白衣青年越众而出，正是日月神教新任教主刑峰。令狐冲冷笑道，刑教主别来无恙！令狐冲因感念自己与神教大有渊源，一直忍让，想不到教主还是如此苦苦相逼，莫非以为在下的剑不利么？刑峰微笑道，令狐兄何必动气，兄弟这次奔波数千里，是为了迎回圣姑，别无他意。
令狐冲冷笑道，废话少说，手底下见真章吧。话音未落，令狐冲已飞天而起，施展出了“独孤九剑”中最利群战的“破箭式”。只听一阵“叮哩铛铛”的兵器落地之声，面前所有日月神教教众的兵器，都已被他击落尘埃。众人心中都是惊骇无比，心想若是刚才的一剑刺的不是兵器而是自己的心脏，自己怕是早已没了性命。
这时左朗向前迈了几步，挡在了令狐冲身前，说让他带着妻儿孩子快跑，自己抵挡一阵。令狐冲心下感激，一边说不必如此，一边去按左朗的肩膀。就在这时，异变陡生！令狐冲的左手刚触到左朗的右肩，左朗的右掌已经按上了令狐冲的小腹，劲力一发，令狐冲登时被击得踉踉跄跄的退了好几步，然后在任盈盈的惊呼声中，掉下了悬崖。
原来，刑峰和左朗本是发小，少年时遇到异人，传授二人上乘武功。刑峰和左朗习武有成后，便立下了一统武林的大志。后来两人约定，由刑峰投入日月神教，左朗则加入名门正派，两人互为呼应，只待时机一至，便启动“变天”计划，争霸天下。不久前，刑峰请求任盈盈回归神教未果，便派人监视他们的一言一行。令狐冲在衡山脚下偶遇左朗，自然也是他们的安排。
再说任盈盈，她见令狐冲掉下悬崖，心痛欲裂，但她又隐隐觉得，夫君不会就这么死了，且是这种窝囊的死法。为了孩子，任盈盈只好答应刑峰，帮他再次掌控外围势力。
王者归来，剑气满天
三年后的一日，黑木崖。刑峰端坐于教主宝座，听着部下汇报，心中忽然生出一种不祥的预感。他立即飞身飘出大殿，来到广场之上。只见一青衣人负手而立，衣袂飘飘，仿佛神仙中人。在他的四周，是横七竖八的躺在地上一动不动的教众。
这青衣人，当然就是令狐冲。当初他被左朗暗算，掉下悬崖，半途中接连为几棵山崖间探出的大树阻挡，得保性命。而且，巧之又巧的是，他落地之处，正是张无忌练成“九阳神功”后，埋藏《九阳真经》的地方。
令狐冲知道刑峰还会利用任盈盈帮他掌控外围实力，因此盈盈和孩子的安全暂时不是问题，同时这深谷广袤无比，山崖又有数百丈之高，几乎与地面垂直，以他现在的武功根本无法上去。恰在此时，他发现了张无忌埋藏的《九阳真经》，就计划着练成“九阳神功”，武功大进之后，或者有机会出去。
于是，令狐冲开始修炼“九阳神功”，他这一练与张无忌当年又有不同。张无忌当时空会各种功法，却无丝毫内力在身。而令狐冲因用“吸星大法”吸收了黑白子、岳不群等多人的功力，又经“易筋经”疏导，一身内功浑厚无比。他此时修炼“九阳神功”，不过是把真气转换为“九阳真气”而已。至于最后打通全身窍穴的关键一步，有了“易筋经”的帮助，自然也不在话下。
结果令狐冲练成“九阳神功”，只用了不到一年时间。打通全身窍穴，沟通天地，臻至先天境界，也只用了三个月。至此，令狐冲已不用刻意修炼真气，因为在他行止坐卧之间，真气已可源源不断地涌入身体。
内功既然大成，令狐冲便开始修炼独孤九剑的“破掌式”、“破气式”。跌落山崖后，令狐冲手中的长剑早已不知去向，但他想起北宋哲宗年间，大理国段誉曾以“六脉神剑”名震天下。“六脉神剑”是以凝缩的真气为剑，既然段誉可以，他当然也可以。
半年之后，令狐冲终于发明出了气剑的法门。又过一年，他全身三百六十处窍穴，每一处都能发出无形气剑，足以削金断铁，威力更胜神兵利器。这也意味着他的“破掌式”、“破气式”都已练成。同时，令狐冲也已经想到了离开深谷的方法。
这一日，令狐冲淡然一笑，心念一动，双脚的涌泉穴便涌出两道真气。这两道真气恰好托住了脚底，将令狐冲的身体微微弹起，随着真气源源不断地涌出，令狐冲像腾云驾雾的神仙一般，先缓后快的向上升去。
出谷之后，令狐冲先是来到衡山，随手发出一道剑气，左朗已经身首异处。接着他又催动真气，“飞”到了黑木崖。令狐冲飘然进入日月神教，所过之处，教众都被他全身随处可发的剑气点中穴道，直至大殿之外，没一人能够发出声音。若非刑峰感觉敏锐，还真发现不了他。
刑峰看着“死而复生”的令狐冲，说我一直都觉得你不会那么轻易死去，你能回来太好了，我可以再杀你一次。言毕双手一拍，周围忽然出现了十八位手持长剑的黑衣人。这些人不知道从哪里冒出来的，出现得又无声无息，如同鬼魅一般。
令狐冲微笑道，你见过林平之了？短短三年时间，便能培养出十八名辟邪杀手，的确有争霸天下的资本。换了是三年前的我，只怕会掉头就跑。只可惜……他的话只说了一半，因为任盈盈和令狐止被三个人挟持着，推到了他的面前。
令狐冲面上露出心疼无比的表情，但只维持了片刻，便转为无尽的怜悯:何必呢？
他忽然纵身跃起，看动作身形，仍是九式中的“破箭式”，只是他手中已无剑。下一个瞬间，所有的敌人全部倒地，身死。刑峰虽身为教主，也没得到令狐冲特别的优待。
第二日，任盈盈宣布，日月神教就此解散，若有人再度集结民众，以神教之名行事者，杀无赦。
