国防部参谋本部是国防部执行指挥台湾军队之特设机关，等于世界各国的总参谋部，也是台军军令系统的最高单位，其机关首长“参谋总长”更是台军现役军职最高职务。《国防部参谋本部组织法》明定其为国防部部长之军令幕僚（相当于军令副部长）、及三军联合作战指挥机构，掌理提出建军备战需求、建议国防军事资源分配、督导战备整备、部队训练、律定作战序列、策定并执行作战计划及其他有关军队指挥事项。
国防部参谋本部（军令幕僚及三军联合作战指挥机构）：
参谋总长（一人，承平时期为二级上将，除非战时或有特殊功绩才能晋升为一级上将）
副参谋总长（二人，中将）
总士官长（一人，一等士官长）
副参谋总长执行官（一人，二级上将）
参谋本部单位
人事参谋次长室（联一）：人事整备处、人事管理处、人事勤务处（空军）、人才培育处（陆军）
郭俊德 陆军中将 陆官80年班
郭俊德 陆军中将 陆官80年班
少将助理次长一人曾安国（海军）海官79年班
少将处长
情报参谋次长室（联二）：情报整备处（空军）、国际事务处（海军）、政策计划处（空军）、联合情报研析中心（陆军或海军）
中将次长一人（空军）
现任联二次长：
谢日升 空军中将 空官79年班
少将助理次长一人（海军）朱惠民 海官81年班
少将处长
作战及计划参谋次长室（联三，辅联五）：作战整备处（海军）、联合作战处（陆军）、防空暨资战处（空军或陆军）、战情中心（空军）
中将次长一人（陆军）
现任联三次长：
连志威 陆军中将 陆官81年班
少将助理次长一人（海军）彭国洲海官81年班
少将处长
后勤参谋次长室（联四）：后勤综合处、军品整备处、后勤管理处
中将次长一人（海军）
现任联四次长：
李凤翔 海军中将 海官81年班
少将助理次长一人（空军少将）
少将处长
通信电子资讯参谋次长室（联六）：资通电安全处、通资电发展规划处、指管通情系统处、通资电资源管理处
中将次长一人（空军）
现任联六次长：
邓恩怜 空军中将 空官79年班
少将助理次长一人（海军）林奇辉 海官80年班
少将处长
训练参谋次长室（联七）：军事训练处（陆军少将）、联合作战训练处（陆战队少将）
张俊志 陆军中将 陆官78年班
张俊志 陆军中将 陆官78年班
少将助理次长一人（空军少将）
少将处长
直属机构
国防部军事情报局
少将副局长一人（陆军）
少将执行长
中将局长一人（空军）杨静瑟 空官76年班
国防部电讯发展室
少将副主任一人
中将主任一人（海军）郭治国 海官77年班
国军联合作战指挥中心
上校副主任一人
少将主任一人（空军少将）
得编配军事机关
负责执行军队指挥，军事机关及其所属部队得编配参谋本部。
国防部陆军司令部（负责执行指挥陆军部队）
中将副司令二人
中将参谋长一人
二级上将司令一人
国防部海军司令部（负责执行指挥海军部队）
中将副司令二人
中将参谋长一人
二级上将司令一人
国防部空军司令部（负责执行指挥空军部队）
中将副司令二人
中将参谋长一人
二级上将司令一人
编配军事机构
执行军队指挥，军事机构及其所属部队编配参谋本部。
国防部宪兵指挥部（负责执行指挥宪兵部队）
少将副指挥官一人
中将指挥官一人
国防部资通电军指挥部（负责执行指挥资通电军部队）
少将副指挥官一人
中将指挥官一人
