12月26号，台北地检署正式起诉，要求柯文哲判刑28年半。
12月27号，台北地院裁定柯文哲3000万交保，地检署第一次抗告成功。
12月29号，台北“高等法院”宣布撤销地院裁定，发回更裁。当天下午，台北地院再次裁定柯文哲免押，只是交保金从3000万提高到7000万。
12月31号，地检署表示不服，二度提出抗告，又成功了。
1月1号，“高院”再次撤销地院的裁定，发回更裁。
1月2号，台北地院再次召开羁押庭，经过数小时的庭审后，于当天晚上11点宣布，裁定柯文哲等4人重新羁押禁见。
柯文哲在交保以后仅三天，又被戴上手铐，重新押往台北看守所。柯文哲在29日交保后，他做了两件事情：一是，到医院去看望病重的老父亲。二是，于元旦主持召开了民众党扩大中央委员会。
柯文哲在会上表示，“今天我们开这个临时中央委员会，其实最重要是我个人要请辞党主席。因为我不可以让这个冗长的司法程序，模糊焦点干扰整个台湾民众党的发展，不希望民众党受到拖累。”
中央委员会按照柯文哲提议，一致推举黄国昌担任代理党主席。柯文哲表示，“我个人是推荐黄国昌代理党主席，他个人的政治的经验能力，还有在‘立法院’的表现，我想大家有目共睹。”
1月19号，民众党将召开党代会，改选第四届中央委员会和中评会。预计在2月下旬正式补选党主席。
在台湾政坛上活跃了10年的柯文哲时代，将基本告一段落了。
柯文哲在短短三天获释的时间，赶紧处理掉中央的人事问题，说明他预感到形势不乐观，知道自己有可能重新被拘押（事实证明也是如此）。
这次台北地院宣布羁押的时间是三个月（前两次都是两个月），而且期满将开延押庭，最多可以开六次。每次两个月，这样总共七次，最长可以拘押一年三个月。看来赖清德不把柯文哲处以重刑，是不会罢休，拖时间也得要把他耗死，
从柯文哲交保被羁押，再交保再被羁押的情况，可以明显的看出，在柯文哲案件的审理过程中，明显有政府公权力的介入。台湾有人在评论此案时，明确指出，台湾检调部门如果不把柯文哲羁押起来，不仅台北地检署无法向上交代，就连检察总长也无法向当局交代。
尽管对柯文哲羁押了4个月，依然没有获得柯文哲贪污受贿的铁证，但是检调部门始终坚持认为，柯文哲等人有逃亡和串供的可能，予以羁押。
北检在庭审柯文哲的时候宣称，“柯文哲是一个有政治影响力的人”。就是暗示他，因为他是民众党主席。于是柯文哲决定辞掉党主席，以为这样就没有政治影响力了，并且同意高额交保，同意带上脚镣，结果北检还是把他拘留了。有的评论认为，柯文哲是中了计了。
柯文哲在2号庭审的时候，有点发火，他对检察官发问，我每次出门都有3-4个“记者”站在门口等候，哪里有逃亡的可能？
黄国昌等民众党人士也公开指责，“你脑袋有洞吗，柯文哲要怎么逃，柯文哲要逃离这些‘摄影记者’都很困难的。”
“柯文哲在里面讲，他说我死在里面我都不会逃亡，他说我如果逃亡了民众党怎么办？他是第三大党的党主席，369万票选出来的。”
“说他虽然辞了台湾民众党的党主席，他还是有实质的影响力，结果今天阿北在法庭里面，讲的最霸气的一句话，‘如果按照你的逻辑可以成立，你觉得我辞了台湾民众党党主席，还不够，还有实质影响力，那你把我关到台北看守所，我就没有实质影响力了吗？’”
最后柯文哲在法庭上怒斥法官，你们如果要继续关押我，就直接说。难道把我关了，外面的支持我的“小草”就瞬间没有声音了吗？
柯文哲被二度拘押后，民众党方面强烈表示，“你只要不顺我的意，不押，我就一直抗告一直抗告一直抗告。给你搞了4个月了，如果证据还不够，只显现出你们的无能。”“用这种伎俩在霸凌柯文哲，自甘堕落为鹰犬，”“完全是政治办案玩弄司法，台湾在赖清德主政下，司法部门已经沦为政治打手了。”
民众党代主席黄国昌更是动员全台柯粉，“请各位朋友，1月11号下午2点钟，自由广场见。是台湾的人民，站出来，对民进党、对赖清德发出怒吼，集结的一天，我们要求赖清德，要求民进党，还我司法正义。”
那么为什么赖清德当局非要把柯文哲整掉，其中一个很重要的原因，就是最近台湾“立法院”，对赖清德的行政权力构成了重大制约，几乎他想做什么事情都做不了。
在赖清德看来，把柯文哲整掉，有可能会把民众党的8席“立委”进行分化。当然他们这个想法，实际上也证明了是不可能的。
