1972年6月，周恩来在批陈整风汇报会议上曾经说：“这件事情，是毛主席经常讲的，在座的不少同志听到，主席不总是拿这个古人的事（指宋太宗评吕端）来比喻吗？”……就是说，没有剑英同志立这个功，要不是毛主席出来制止，那个局势就很坏了。……在关键时刻才显出是同志嘛！古话说，‘疾风知劲草，板荡识诚臣’嘛！”这里说到的，就是叶剑英和毛主席在长征中共同经历过的一件事情。
1935年9月初的巴西，毛主席焦虑地凝神眺望远方。几天来，中央三令五申要张国焘率左路军向北靠拢，张国焘却在阿坝按兵不动，甚至提出要右路军折头南下。一、四方面军会合以来的争执，至此已到了白热化的程度。莫非会有什么变故？此刻，叶剑英参谋长推门疾入，将一份电令交给了毛主席。
叶剑英是从右路军前敌总指挥部赶来的。指挥部正在开会，新任总政治部主任陈昌浩兴致勃勃地讲着话。机要员推门进来，将一封电报递给陈昌浩。陈昌浩顺手接了过来，放在一侧。叶剑英上前拿过电报，急看一遍，感到事关重大，便借故离开会场，向中共中央驻地跑来。这封电报是张国焘打给陈昌浩的，命令他率右路军南下，彻底开展党内斗争。其用意显而易见。
毛主席看完电报，立即用铅笔把它抄下来，并嘱咐叶剑英处境危险，要赶快回去，务必提高警惕，以防意外。叶剑英迅速跑回前敌总指挥部，若无其事地走进会场。刚才发生的这一幕，幸好未引起与会者的注意。
毛主席立即与张闻天、博古等紧急磋商。大家一致同意，为了执行党的北上抗日决议，避免红军内部可能发生的武装冲突，中央决定率红一、三军团迅速离开巴西。
为了避免过早暴露意图，毛主席先到前敌总指挥部陈昌浩、徐向前那里商量。他先走到徐向前住处，站在院子里询问徐向前：“向前同志，你的意见怎么样？”徐向前说：“两军既然已经会合，就不宜再分开，四方面军如分成两半恐怕不好。”毛主席要他早些休息，便告辞了。
毛主席又走到陈昌浩那里。陈昌浩说：“张总政委来电要南进。”毛主席当即说：“既然要南进嘛，中央书记处要开一个会。周恩来、王稼祥同志病在三军团部，我和张闻天、博古去三军团司令部就周、王开会吧。”陈昌浩没有多想，便同意了。
毛主席一行很快赶到三军团驻地，召开中央政治局紧急会议，确定中共中央率一、三军团立即北上的方针。脱离险境的准备工作立即迅速而秘密地展开了。
与此同时，叶剑英秘密来到前敌总指挥部作战科，找到副科长吕继熙（吕黎平），要来当时唯一的一份十万分之一的甘肃省地图，以为中共中央率一、三军团北上急用。
毛主席在离开巴西之前，考虑到叶剑英的安全，曾经特地通知他以到三军团参加直属队会议的名义，迅速离开前敌总指挥部。叶剑英考虑到全局的利益和军委纵队同志的安危，决意要和军委纵队一起走。怎样才能把军委纵队安全带走？叶剑英急中生智，决定利用张国焘南下的电报，以打粮准备南下为由，得到了前敌总指挥部的同意。
9月10日1点30分左右，叶剑英悄悄起床，披上大衣，从床下的小藤箱里取出那份甘肃省地图，走出前敌总指挥部驻地——喇嘛庙。他碰到军委秘书长肖向荣，便把地图交给他，并交代说：“这可是要命的东西，你千万要管好！”临出发，他发现手枪没有带，便立即返回大殿，赶忙拿了左轮手枪，便急促上路。
叶剑英和军委纵队从潘州赶到阿西，见到毛主席、周恩来、王稼祥。毛主席非常高兴，说：“哎呀！剑英同志，你出来了，好！好！现在情况紧急，我们不能在此停留，应立即向俄界前进，与一军团会合。”
这次遇险，毛主席久久不能忘怀。他多次称赞叶剑英：“诸葛一生唯谨慎，吕端大事不糊涂。”1967年毛主席还对周围的人说：“叶剑英同志在关键的时候是立了大功的。如果没有他（边说边摸脑袋）就没有这个了。”这件事情，为毛主席与叶剑英的关系奠定了牢不可破的基础。
1941年2月2日，叶剑英从重庆南方局调回延安。
毛主席立即在杨家岭会见了叶剑英。叶剑英详细汇报了皖南事变前后与国民党政府交涉情况，并把周恩来给中共中央、毛主席的信，以及邓颖超给毛主席的照片交给他。毛主席同叶剑英进行了长时间的亲切交谈，并在当晚致电周恩来：“（一）剑英本日上午10时抵延，畅谈5小时。收到来示，欣慰之至，报纸题字亦看到，为之神往。（二）小超同志照片收到，敬谢。”这个电报，充分表达了毛主席对周恩来、叶剑英等在国民党统治区工作的关注和评价。
毛主席十分欣赏叶剑英在参谋工作方面的领导才干，任命他为中共中央军事委员会参谋长，兼第十八集团军参谋长。
当时的根据地，星罗棋布，四面八方。为了使最高决策层及时掌握全局动向，叶剑英上任不久即建立了军委一局及其他有关部门的定期汇报制度，组织出版《作战周报》和《一月军事动态》。鉴于第二次世界大战正处于关键阶段，他又组织力量成立资料研究室，收集、整理国际战况，研究国外军事名著，并出版了《国际资料》。毛主席看了这些材料，大加赞赏，说这样做“大有帮助”。
叶剑英请示毛主席同意，组织“各路诸侯”到王家坪，共同研究对敌斗争情况。这种做法，很像医学专家对疑难病症的“会诊”，引起“各路诸侯”的浓厚兴趣。当时，上至朱德、刘伯承，下至分兵把关的贺龙、陈毅、徐向前、聂荣臻、陈赓、罗瑞卿等都先后前来参加，大家畅所欲言。
1941年6月，苏德战争爆发。在这种新局面下，侵华日军主攻方向将有何变化？中国抗日战争将如何发展？毛主席责成叶剑英组织力量研究这些问题。在参谋人员中，形成两种意见：一种意见认为，日军可能乘人之危，配合德军，北上进攻苏联；另一种意见认为，日军南进的可能性更大，谋取在东亚、南亚“以战养战”。叶剑英归纳大家的意见，上报毛主席，指出：我们的战略思想和战争准备，虽然要预计到日军北进、南下两种可能性，但是当前的侧重点应该是对付日军南下。这一分析，已为日后的战争进程所证明。
1943年六七月间，面对国民党顽固派的第三次反共高潮，毛主席积极采纳叶剑英的建议，导演了一出“现代空城计”。
当时，蒋介石、胡宗南围攻陕甘宁边区的部队共四五十万人，而边区部队不过只有三四万人。叶剑英反复考虑退敌之策，感到光靠我们的军事力量打退国民党军队的进攻，在当时是难以办到的，必须采取以智胜敌的办法，破例使用我们掌握的军事情报，公开揭露国民党的进攻阴谋。不过，公开揭露，可能给我们的情报工作带来不利影响。为此，叶剑英向毛主席汇报了自己的想法，又专门征求业务部门的意见。
毛主席终于采纳了他的意见，批准新华社详细公布国民党军队调动情况，并为《解放日报》撰写了《质问国民党》的社论。随后，延安召开数万人大会，通电全国，揭露国民党顽固派的内战阴谋。
蒋介石见事情败露，只好授意胡宗南致电朱德，表示：“敝部换防，请勿误会。”胡宗南的亲信、机要室主任也被撤职。
这场精心谋划的内战，就这样兵不血刃地破产了。
